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冬瓜转录组de novo

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广东省农科院蔬菜所项目(第一个冬瓜转录组数据库)

(一)组装质量评估

分析结果:Unigene平均长度与其他已报道转录组文献的对比: 蝴蝶 (197bp), 甘薯(581 bp), 丹参(331 bp),红花(446 bp)

(二)Unigene与近缘物种比较

分析结果:将冬瓜Unigene与西瓜基因组CDS序列进行比较,评估Unigene组装完整性。在14,559 条西瓜同源基因CDS序列中,94.3%条序列的覆盖度大于40%,61.4%序列的覆盖度大于80%。

(三)Unigene的数据库比对及注释

分析结果:利用NR、 Swiss-Prot、KEGG、GO四大数据库对Unigene进行注释,共注释了36,070 (55.4%) 个Unigene

(四)cSSRs的开发与验证

分析过程与结果:

从unigenes中开发出6,242个cDNA SSRs(cSSRs)候选分子标记,并提供引物设计结果。

合成两百对引物在6个品种中进行了PCR验证。结果显示170条序列成功扩增,49个SSR呈现多态性。

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