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出处及样品关系

高通量测序样品:一个样品,由五个时期南瓜叶、茎、芽尖混合得到。(高通量测序为了得到南瓜转录组及开发SSR标记)
qPCR样品:二个样品,光周期敏感(PPS)与不敏感(PPIS)的南瓜中的8个与光周期有关的基因(与拟南芥中相关基因同源)
南瓜是短日照植物,光周期基因相关研究有助于广泛栽种与按时收获

研究思路

南瓜转录组分析

对南瓜样品进行转录组测序,对测序结果进行组装和数据库注释。

重要基因的qPCR分析

组装结果与12个拟南芥中已报道的光周期基因进行同源性比较,找出与8个拟南芥中与光周期相关基因同源的Unigenes;
对光周期敏感的南瓜和不敏感的南瓜分别进行qPCR分析(上图)。


SSR找寻及验证
从转录组组装结果中使用MISA软件共得到7814个SSR,相关序列有6868条。从其中随机选择了57个SSR的引物,对12个品种的南瓜进行了PCR分析。其中35个引物的结果出现了多态性,14个引物的结果无多态性,8个引物无清晰条带。


 

进化树分析
利用35个多态性标记,找出各品系的南瓜间差异的SSR,并计算进化距离,绘制进化树(均使用Mega程序),可以看到12个南瓜品系分为了2类。

 总结

究得到了南瓜的转录组;
对光周期敏感的南瓜与非光周期敏感的南瓜在光周期基因上的表达差异进行了研究;
开发并验证了在12个南瓜品系中存在多态性的SSR标记,以之进行了进化树分析,得到了南瓜品系间的相关关系。

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