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一、文章来源

基于RNA-Seq的通关藤药用成分(多氧孕烷)合成基因发现及分子标记开发.郑开颜,南京农业大学。

文章下载链接:http://www.genedenovo.com/uploads/tmp/genedenovo-resume-1413439299.6871349.pdf

样品关系:单样品,通关藤的茎与叶分别提取RNA后等量混合测序

二、研究思路

6个与多氧孕烷有关的基因qPCR结果 

鲨烯合酶(SQS)
鲨烯环氧酶(SQLE)
C4-甲基固醇氧化酶(4-MSO)
3-β羟甾脱水酶(3-β-HSD)
孕酮-5β还原酶(5β-POR)
环阿屯醇合酶(CAS)

除5β-POR(多氧孕烷合成通路下游的酶)在茎组织中上调外,其余基因的均在叶组织中上调。说明多氧孕烷前体可能先在叶中合成,而后运输到茎中进行后续修饰并储存。因此在茎中积累了大量药用成分

3-O-葡糖基转移酶同源性分析

7个基因在物种间同源,证明了其产物的功能。(酰化和糖基化)

三、主要结果

1. 得到了通关藤的转录组参考序列,并找出了其中与药用成分的合成相关的基因。
2. 使用qPCR的方法得到了目标基因的表达量,揭示了药用成分的合成和运输机制。
3. 对目标基因进行了家族树分析,找出其在近缘物种间的同源性。

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