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(一)研究背景

        卵形鲳鲹是一种非常重要的经济鱼类, 但是,对卵形鲳鲹的生物学研究基于基因信息是非常有限的。在这个研究中, 我们通过对卵形鲳鲹的转录组的二代测序得到了关于这个物种基因的全面解析并对相对功能基因进行预测和分析。通过对卵形鲳鲹的转录组测序,得到卵形鲳鲹的转录组参考序列,以及差异表达的基因,找出产量,生长和免疫相关的关键基因和重要通路。

(二)研究样本

10个样本(年龄:2岁/重量:~1000  g )金鲳鱼的脑,肝,心肺,鳃,脾脏,睾丸和卵巢(混样);
测序策略:4G数据量(Illumina Hiseq 2000) ;

(三)研究思路

(四)研究内容

1、转录组组装结果

2、All-Unigene在4个常用的蛋白数据库的注释结果

3、All-Unigene与近缘物种的同源性比对结果

4、 All-Unigene在COG 数据库的分布

5、All-Unigene在GO的分类

 

6、功能相关基因的鉴定-------------包括:与生长和代谢相关的基因的鉴定、与免疫相关基因的鉴定、与生殖相关的基因的鉴定

7、SSR分子标记的发现和验证

(五)结果与结论

1、建立卵形鲳鲹转录组数据库。
2、探索与卵形鲳鲹生长,产量和免疫相关的基因
3、开发SSR分子标记, 鉴定出16个SSR多态性位点
4、为后续卵形鲳鲹生理,遗传学,分子育种等研究打下基础

 

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