10x单细胞V(D)J测序 精准研究细胞群体免疫特征

2018/09/14
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基迪奥10x Genomics单细胞V(D)J测序,基于微流体平台,特异性提取富集TCR/BCR区域RNA,通过比对、拼接、筛选、注释等对单个细胞进行免疫组库构建,分析得到TCR/BCR多样性序列,从而以高通量、高分辨率获得细胞群体的免疫特征。

产品介绍

TCR/BCR为T/B淋巴细胞表面的特征性标志,作用是识别抗原。细胞发育过程中存在复杂的V(D)J重排机制,导致TCR/BCR基因序列多样性极为丰富,这些序列多样性的集合称为免疫组库(Immune Repertoire,IR)。

基迪奥10x Genomics单细胞V(D)J测序,基于微流体平台,特异性提取富集TCR/BCR区域RNA,通过比对、拼接、筛选、注释等对单个细胞进行免疫组库构建,分析得到TCR/BCR多样性序列,从而以高通量、高分辨率获得细胞群体的免疫特征。

图1  TCR/BCR结构与V(D)J重排

技术优势

1一次测序可检测八个样本,一个样品可进行500-10000个细胞分析 

2实验周期短,7min内可完成上万细胞的封装 

3针对TCR/BCR的全长V(D)J序列进行测序

4可获得单细胞的配对TCRα/β和BCR重链/轻链信息

应用领域

1肿瘤免疫微环境变化 

2免疫疗法 

3自身免疫性疾病和炎症性疾病

4传染性疾病和疫苗研发

5移植和免疫重建

样本要求

1细胞类型:新鲜细胞悬液(人或鼠)

2样本来源:流式分选、磁珠富集、组织解离、新鲜外周血、冻存细胞 

3细胞活性:活细胞数在90% 以上

4保存运输:为了减少样品寄送对细胞造成的损失与损伤,基迪奥提供上门服务

生物信息分析

1比对与注释

2Clonotype分型

3特征分析

 CDR3特征分析 

 V/J基因特征分析 

 V-J paired特征分析

4多样本分析

 样本间Clonotypes比较 

 Overlapping Clonotype聚类分析 

 Overlapping Clonotype差异分析

研究策略推荐

利用10X Genomics平台标记cDNA后,可以根据不同的研究目的进行文库选择: 5’基因表达文库、TCR的V(D)J 文库、BCR的 V(D)J 文库。

将cDNA分成2份,同时进行TCR/BCR的V(D)J测序和5’单细胞转录本测序,获得每个细胞5’基因表达数据和V(D)J全长序列,随后基于两种数据库进行细胞亚群聚类、亚群表达特征、标记分子筛选等分析。

图2  The Chromium Single CellImmune Profiling Solution流程

部分分析内容

图3  Clonotype丰度分布

图4  CDR3氨基酸序列长度分布

图5   V/J基因表达聚类热图     

图6  V-J paired 频率Circos图