基因组de-novo测序

基因组denovo测序即从头测序,是不依赖于任何参考序列对某物种进行测序,通过生物信息学分析手段进行拼接、组装,从而获得该物种全基因序列图谱。随着测序技术的发展、测序成本的降低,完成各物种的全基因组序列图谱已成为必然趋势。一个物种基因组序列图谱的完成,将带动该物种一系列后续研究的开展。

应用领域

基因组survey评估
全基因组组装及注释
物种进化分析

技术路线

分析内容

1. 数据处理:去除接头序列、污染序列等;
2. 基因组组装:原始数据统计、测序深度分析、覆盖度统计、GC含量分析等;
3. 基因组注释:基因预测、基因功能注释、重复序列分析、非编码RNA注释等;
4. 比较基因组学及进化分析:物种系统发育树构建、基因家族鉴定、基因共线性分析等;
5. 个性化分析。

样品要求

样品浓度≥200ng/uL;总量≥500ug;OD260/280 = 1.8~2.0。(所需的DNA量与所构建的文库数量以及文库类型有关)

项目周期

一般约7个月,具体完成时间视基因组大小及复杂程度而定。时间从样品检测合格开始计算,不包括由于样品问题而导致实验停滞的时间。

参考文献

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