细菌基因组测序

微生物基因组de novo测序,是一种在无参考基因组的情况下,对微生物基因组序列进行从头组装,并结合数据库对基因组进行注释,以此为基础开展相关下游分析的产品。我们采用读长更长的Pacbio三代测序技术,能够保证基因组序列组装的完整性。同时,根据不同的研究目的,我们还提供基因组框架图,精细图和完成图三种研究策略,以满足客户的不同需求。随着测序技术的发展、测序成本的降低,完成某微生物物种的全基因组序列图谱已成为必然趋势。一个物种基因组序列图谱的完成,将带动该物种一系列后续研究的开展。

应用领域
1、物种分类地方鉴定
2、物种进化分析

技术路线

分析内容
标准信息分析
1. 去除接头污染和低质量数据
2. 数据产出及质控统计
3. 使用HGAP对测序结果进行序列组装、组装结果优化和评价
4. 编码基因预测
5. 基因功能注释(KEGG、SwissProt、COG、NR、GO数据库)
6. 重复序列预测
7. 非编码RNA(rRNA和tRNA)预测

高级信息分析
1. 蛋白结构域(Pfam)分析
2. 病原与宿主互作数据库(PHI)注释
3. 细菌致病菌毒力因子数据库(VFDB)注释
4. 耐药基因数据库(ARDB)注释
5. 耐药基因数据库(CARD)注释
6. 碳水化合物相关酶(CAZy)数据库注释
7. 前噬菌体预测
8. 分泌蛋白预测
9. CRISPR预测
10. 基因岛预测
11. 转座子预测
12. 次生代谢基因簇预测
13. 基因组圈图(Circos)绘制

定制化信息分析 (请选择需要分析内容)
1. 共线性分析(核酸水平线性图)
2. 共线性分析(氨基酸水平线性图)
3. 共线性分析(氨基酸水平二维图)
4. 基因家族分析(2≤reference≤5)
5. sRNA预测
6. 启动子预测

样品要求
1)样品类型: DNA/菌体;
2)样品需求量:菌体样本:≥5g; 框架图基因组DNA:≥2μg;完成图基因组DNA:≥10μg;
3)样品浓度:≥30ng/µL;
4)样品纯度:OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解,无污染。

项目周期
一般30个工作日,具体视基因组大小而定。