环状RNA测序

环状RNA(circRNA)是一类特殊的非编码RNA分子,也是RNA领域最新的研究热点。与传统的线性RNA(linear RNA,含5’和3’末端)不同,circRNA分子呈封闭环状结构,不受RNA外切酶影响,表达更稳定,不易降解。
一些circRNA富含microRNA(miRNA)反应元件(microRNAresponse element, MRE),可扮演竞争性内源RNA(competingendogenous RNA)角色,可与miRNA结合,在细胞内发挥miRNA海绵的作用,抑制miRNA发挥功能从而调节基因表达水平。环状RNA还具有时空特异性与进化上的保守性,这些特点显示circRNA在转录水平与转录后水平可能发挥着重要作用。

应用领域
肿瘤等疾病致病机理的研究;
生长发育过程中的基因表达调控变化;
其他关心基因转录表达调控的研究方向。

技术路线

分析内容
1.  测序评估: 测序质量评估、碱基组成与质量分析、过滤信息统计
2.  环状RNA鉴定统计 :统计Reads类型 、环状RNA类型 、环状RNA分布
3. 来源基因富集分析
4.  表达量计算与差异分析:表达量计算 、样品比较 、比较组差异表达分析
5.  数据库注释与靶向预测:已存在环状RNA与新预测环状RNA、环状RNA与小RNA靶向关系鉴定与预测
6.  circRNAs-miRNAs-mRNAs关联分析

样品要求
总RNA:浓度≥100ng/μL,RIN值≥7.5,总量≥15μg

项目周期
标准流程完成时间为55个工作日

参考文献
1.Yang Y, Gao X, Zhang M, et al. Novel role of FBXW7 circular RNA in repressing glioma tumorigenesis[J]. JNCI: Journal of the National Cancer Institute, 2018, 110(3).
2.Memczak S, Jens M, Elefsinioti A, et al. Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatory potency[J]. Nature, 2013, 495(7441): 333-338.
3.Ivanov A, Memczak S, Wyler E, et al. Analysis of intron sequences reveals hallmarks of circular RNA biogenesis in animals[J]. Cell reports, 2015, 10(2): 170-177.
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