古细菌

古菌多样性测序是一种利用高通量测序技术对PCR特异性扩增的古菌16S V4区 等扩增子序列进行检测的研究方法。此类方法不需要对微生物进行分离纯化培养,尤其适用于环境微生物等样本的研究。

应用领域
1. 群落微生物古菌物种组成鉴定
2. 标记微生物鉴定
3. 群落微生物古菌多样性分析

技术路线

分析内容
reads过滤
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Tag过滤
嵌合体去除
过滤数据统计
OTU聚类及数据统计
组间OTU比较
组间OTU比较韦恩图展示
OTU物种注释
各样品在各分类水平上的序列数目统计
样本物种分类KRONA动态展示
样本及分组在各分类水平相对丰度展示
各分类水平物种注释表达谱
样本及分组的物种分类树
各分类水平的物种丰度热图
α多样性分析指数统计
样本或分组各α多样性指数动态展示
各样本OTU稀释曲线
各样本Shannon曲线分析
各样本rank abundance曲线分析
T-test组间各α多样性指数差异分析
Wilcoxon组间各α多样性指数差异分析
Kruskal-Wallis组间各α多样性指数差异分析
Tukey组间各α多样性指数差异分析
组间α多样性箱线图展示
(un)weighted unifrac组间相似性计算及热图展示
二维及三维PCA分析
(un)weighted unifrac的PCoA分析
(un)weighted unifrac的NMDS分析
(un)weighted unifrac的UPGMA聚类树
T-test组间相似性距离差异分析
Wilcoxon组间相似性距离差异分析
Kruskal-Wallis组间相似性距离差异分析
Tukey组间相似性距离差异分析
组间相似性距离箱线图展示
Adonis组间群落结构差异显著性分析
Anosim组间群落结构差异显著性分析
Tax4Fun功能预测
metastats
LefSe

样品要求
土壤:10 g;污泥/沉积物:5-10 g;
DNA:总量 ≥ 1 μg、浓度 ≥ 20 ng/μL、1.8 < OD260/280 < 2.0。

项目周期
标准流程的运转周期为45个工作日。

参考文献
Lu Y Z, Ding Z W, Ding J, et al. Design and evaluation of universal 16S rRNA gene primers for high-throughput sequencing to simultaneously detect DAMO microbes and anammox bacteria[J]. Water research, 2015, 87: 385-394.
Liu C, Meng Q, Chen Y, et al. Role of age-related shifts in rumen bacteria and methanogens in methane production in cattle[J]. Frontiers in microbiology, 2017, 8: 1563.