基迪奥近一个月内已连发7篇文章，包括单组学以及多组学贯穿的合作项目。其中转录组与小RNA贯穿分析的文章有2篇，涉及物种有中草药、作物、水产动物、山羊等物种。虽然是属于中小项目，但都实现了文章产出，今天我们一起来解读下这几篇文章。

1、铁皮石斛转录组研究

Trancriptome analysis of dendrobiumofficinale and its application to the identification of genes associated withpolysaccharide synthesis
发表期刊：《Frontiers in Plant Science》，IF：3.948 。
合作老师：华南植物园   张建霞副研究员

目的：
通过构建幼年和成年两个铁皮石斛转录组参考序列数据库，比较差异基因，找出与次生代谢物多糖合成相关的基因。

取材：
1.发芽后10月幼株一株； 2.幼株移植18月后的成株一株。

分析图表展示：

结果：
1、构建幼年和成年两个铁皮石斛转录组参考序列数据库；
2、鉴定出大量与糖基转移酶、纤维素转移酶合成代谢通路相关的基因；
3、比较幼年和成年株的铁皮石斛中与多糖合成代谢相关的差异基因，发现是由GT家族、TF家族中的多种基因共同参与调解其次生代谢通路。

 

2、澳洲青苹小RNA测序研究

Identification of MicroRNAs and Their TargetsAssociated with Fruit-Bagging and Subsequent Sunlight Re-exposure in the“GrannySmith” Apple Exocarp Using High-Throughput Sequencing
发表期刊：《Frontiers in Plant Science》，IF：3.948。
合作老师：西北农林科技大学  曲东博士

目的：
构建6个苹果皮小RNA数据库，找出与摘袋复照后Grany Smith果皮颜色变红相关的基因。

取材：
6个样本（未套袋和摘袋后又被重新光照 0h,6h,1d的GrannySmith苹果皮）。

分析图表展示：

结果：
1、发现已知miRNA201个，novel miRNA220个；
2、套袋和未套袋果皮中存在差异表达的miRNA，且预测靶向基因调控花青素表达；
3、发现4种与花青素合成代谢相关的miRNA: mi156、miR5072、miR828、miR858；
4、发现摘袋后0h-1d内苹果皮中一些miRNA靶基因存在光保护机制，可能在强光胁迫下水果发育成熟过程中起重要作用。

3、罗非鱼小RNA研究

Comprehensive identification and profiling ofNile tilapia（Oreochromis niloticus）microRNAs response to Streptococcusagalactiae infection through high-throughput sequencing
发表期刊：《Fish and Shellfish Immunology》 ，IF：2.674。
合作老师：广东海洋大学  王蓓  副教授

目的：
构建罗非鱼miRNA表达谱，找出与免疫相关的miRNA。

取材：
来自S. agalactiae ZQ0910株免疫后0h\6h\12h\24h\48h\72h的罗非鱼脾脏组织的6个样本，每个样本3个重复。

分析图表展示：

结果：
1、测序得到罗非鱼miRNA表达谱；
2、鉴定了1121个已存在miRNA和1878个novel miRNA；
3、发现很多miRNA可调节链球菌体外感染；
4、靶基因预测结果表明很多miRNA与免疫相关。

4、菠萝转录组研究

De novo Transcriptome Assembly of Floral Budsof Pineapple and Identification of Differentiall Expressed Genes in Response toEthephon Iduction
发表期刊：《Frontiers in Plant Science》，IF：3.948。
合作老师：广东省农业科学院果树研究所  刘传和

目的：
通过构建菠萝胚芽转录组，找出与乙烯利诱导开花相关的差异表达基因。

取材：
3个样本，2个不同浓度乙烯利处理组和对照组的芽尖样本，每组10重复。

分析图表展示：

结果：
1、测序得到菠萝胚芽转录组；
2、差异表达基因功能富集结果发现13个和乙烯利诱导成花相关的DEGs，可能诱导开花且影响花芽成长；
3、将13个诱导开花相关的差异基因根据功能分成ERF、ETR、LTI、FT、VRN1、FRI、FMI7类进行qPCR验证，证明乙烯利可影响这些基因的表达。

 

5、棉花不同发育时期的转录组和small RNA分析

To Be a Flower or Fruiting Branch: InsightsRevealed by mRNA and Small RNA Transcriptomes from Different CottonDevelopmental Stages 
发表期刊：《Scientific Reports》，IF：5.578。
合作老师：河南大学  蔡应繁教授

目的：
通过比较棉花突变枝和正常枝的mRNA和miRNA表达差异，阐明棉花果枝和花芽发育的分子机制。

取材：
4个棉花品种，三个发育时期的芽尖样本，每组三个重复，共36个样本。

分析图表展示：

结果：
1、Pre-squaring stage的DEG在两个品系中都富集于与果枝发育和开花相关的转录因子；
2、差异表达基因功能富集结果显示，棉花突变枝和正常枝有不同的发育模式；
3、通过负调控关系将差异miRNA和差异mRNA联合分析，在三个发育阶段共筛选出特异表达miRNA的80个靶基因。对这些靶基因的功能注释和富集分析结果显示，控制棉花果枝发育的分子通路与拟南芥的相似，并且多种调控通路可影响花芽的发育。
 

6、山羊RNA-seq研究

Comparative Transcriptome Analysis of Fetal SkinReveals Key Genes Related to Hair Follicle Morphogenesis in Cashmere Goats
发表期刊：《Plos one》，IF：3.234。
合作老师：西北农林科技大学  高烨博士

目的：
通过比较山羊不同发育阶段胎儿皮肤组织转录组找出和羊绒形态发育及质量产量相关的基因。

取材：
9个样本，受精后60天、120天剖腹产和自然生产后2h内羊的皮肤组织，各三个重复。

分析图表展示：

结果：
1、转录组比对发现胚胎发育60天VS120天，60天VS自然生产羊皮肤组织中均存在差异基因，但120天与自然生产组并无差异基因；
2、毛囊发育的关键基因B4GALT4, TNC, a-integrin和FGFR1随胚胎发育时间的增加均上调表达；
3、Wnt、骨形成蛋白和Notch家族成员在毛囊分化和成熟过程中起重要作用；
4、对8个毛囊发育相关基因进行qPCR验证，也证明其在毛囊发育的不同阶段存在表达量差异。
 

7、浮萍响应铵盐毒性转录组机制

Transcriptomic and physiological analysis ofcommon duckweed Lemna minor responses to NH4+ toxicity
发表期刊：《BMC Plant Biology》，IF：3.813 。
合作老师：农业部成都沼气科学研究所  王文国

目的：
阐明浮萍响应高浓度铵盐的生理学和转录调控机制。

取材：
对照组（NC），两个处理组（NH4+浓度：84mg/L(A84)，840mg/L(A840)）。

分析图表展示：

结果：
1、高浓度铵盐处理的生理学变化：生长抑制；活性氧积累导致机体损伤细胞凋亡；丙二醛浓度和超氧化物歧化酶活性增加；
2、两个铵盐处理组分别与对照组的差异表达分析结果显示，绝大部分基因在处理组表达下调；
3、趋势分析结果显示，苯丙烷信号通路在铵盐毒性下被激活，揭示木质素生物合成增加可能在抵抗铵盐毒性上有重要作用；氧化相关基因和活性氧清除基因在铵盐处理组上调，表明了高浓度铵盐可导致ROS累积，并激活了抗氧化酶系统。

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