PNAS文献解读：大麦R基因导入拟南芥中的抗病研究 返回
文章主体思路
文章中的细节
首先我们可以看到：
1、尽管是一篇PNAS文章，但文章的主体结构非常简单（三个小节）。但其实在细节逻辑的论证上非常严谨。
2、RNA-seq在这里只是一个工具，帮助支撑文章的一个论点（大麦MLA的靶基因在物种间是保守的）；
然后是文章对RNA-seq的设计：
1、总体设计---------------------典型的2X2X4的三因素实验，每个条件设置3个重复，一共48 样本。
三个条件分别是：
1）不同的植株，分别为MLA 转入/未转入的植株
2）不同的病原真菌处理，抗病基因MLA只对其中一种具有抗性；
3） 感染后的4个时间点，分别为6h，12h，18h，24h。
2、设计的小结：
1）对照非常重要。任何实验，没有对照就没有充足的说服力。而本文，在宿主和病原水平都设置了两种极端的参照，从而更具说服力。
2）时间节点。抗病应答，涉及早期、中期、晚期应答，不能只检测一个时间点，否则可能会损失关键信息。
3）实验重复。虽然，我们有丰富经验对付审稿人拷问“你的项目怎么没有重复”。但在经费许可的情况下，还是要设置一定的重复才算严谨。因为任何实验都是存在误差的，因此没有实验重复而得出的结论是不严谨的。
1、总体设计---------------------典型的2X2X4的三因素实验，每个条件设置3个重复，一共48 样本。
三个条件分别是：
1）不同的植株，分别为MLA 转入/未转入的植株
2）不同的病原真菌处理，抗病基因MLA只对其中一种具有抗性；
3） 感染后的4个时间点，分别为6h，12h，18h，24h。
2、设计的小结：
1）对照非常重要。任何实验，没有对照就没有充足的说服力。而本文，在宿主和病原水平都设置了两种极端的参照，从而更具说服力。
2）时间节点。抗病应答，涉及早期、中期、晚期应答，不能只检测一个时间点，否则可能会损失关键信息。
3）实验重复。虽然，我们有丰富经验对付审稿人拷问“你的项目怎么没有重复”。但在经费许可的情况下，还是要设置一定的重复才算严谨。因为任何实验都是存在误差的，因此没有实验重复而得出的结论是不严谨的。
RNA-seq数据分析——复杂的实验设计如何差异比较？
1、这个研究的实验设计是2X2X4的三因素（植物品系、病原株系、处理时间）设计。由于设计较为复杂，如何进行差异表达分析成为了难点。
2、传统的两两样本组差异分析，或简单的趋势分析并不足够。所以作者使用了多元回归的策略，找到不同病原应答出现差异的基因。
1、这个研究的实验设计是2X2X4的三因素（植物品系、病原株系、处理时间）设计。由于设计较为复杂，如何进行差异表达分析成为了难点。
2、传统的两两样本组差异分析，或简单的趋势分析并不足够。所以作者使用了多元回归的策略，找到不同病原应答出现差异的基因。
如图，87个对不同病原株系（有毒和无毒组）应答不同的基因。红色线条是这些基因在无毒组（有抗性反应）的表达模式，蓝线是这些基因在有毒组(无抗性反应)的表达模式。
我们可以明显看到，这些基因主要在18h出现最大的差异。
而其中44个基因的GO注释是“response to chitin”（对真菌细胞壁的应答有关）
文章告诉我们什么？
1、植物抗病基因的作用，在种间具有很高的保守性。
在抗病基因功能验证方面，非模式物种的抗病基因，在模式物种中也可能得到验证。
2、抗病基因研究中上游比较重要。
不管通路上游如何识别和应答病原蛋白，信号的下游通路都是类似的。所以，我们要研究不同品系抗病的能力和机理，把重点放在早期应答上，或许更有意义。
3、测序只是工具，而不是项目的全部。
从整个行业的发展趋势来说，测序越来越成为一个工具，而不是研究的全部（除了基因组测序、大规模重测序这样的典型测序类文章）。
关于植物抗病研究RNA-seq结果的解读，涉及到早期、应答相关基因的文章解读，可点击下面链接
文章链接：http://www.genedenovo.com/news/250.html
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