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比如发表在Plant Journal关于蓖麻籽lncRNAs对种子发育调控机制的研究；环状RNA分析树鼩头部发育和老化机制的研究；鸡细胞全转录组分析孵卵期母鸡卵巢萎缩机制的研究；菊花种质鉴定的转录组SSR分子标记的开发；小麦花粉蛋白组育性转换机制的研究；断奶前后小猪肠道微生物组变化的研究……

1、蓖麻籽lncRNAs表达网络与遗传模式的差异分析

相关组学：lncRNAs，mRNA，基因组甲基化
研究物种：蓖麻
发表期刊：《plant journal》
IF：5.901
合作单位：中科院昆明植物研究所
研究目的：从功能特征、甲基化、基因组印记等角度揭示lncRNAs对双子叶种子发育过程的调控机制。
实验方法：ZB107和ZB306是蓖麻的两个品系，收获ZB107，ZB306自交和正反交（F1: ZB107×ZB306 和F1': ZB306×ZB107）授粉25天后的种子，以及ZB306×ZB107授粉35天后的种子。所有种子取胚和胚乳分别构建链特异性文库测序。
结果：
1）10个样本序列组装过滤后获得5356 lncRNAs，平均长度为803 nt。
2) 胚中核糖体合成组装，RNA剪切、转运、降解等代谢高表达，4种核心lncRNAs关联的PCgenes与调控胚发育的转录因子相关；胚乳中碳、氮、氨基酸、黄铜合成等代谢高表达，核心lncRNAs关联的PCgenes与糖酵解相关（图1）。
3) lncRNAs表达量与甲基化水平呈负相关。
4) 获得20个母本印记lncRNAs，以及新的56个亲本印记PCgenes。
图表展示：

图1. 胚、胚乳中lncRNAs和PCgenes（蛋白编码基因）共表达分析
a.转录本基因表达量热图  b.WGCNA分析的层次聚类树 c. 模块与组织特征的相关性
e.darkorange模块的部分网络图，蓝色与绿色分别表示lncRNAs和PCgenes

2、树鼩出生后头部发育老化过程中circRNAs特征

相关组学：ceRNA（circRNAs，miRNA，mRNA）
研究物种：树鼩
发表期刊：《Aging》
IF：4.867
合作单位：中国医学科学院医学生物学研究所
研究目的：树鼩脑部发育过程中circRNAs的表达和功能。
实验方法：婴儿、年轻、年老3个阶段树鼩头部海马体与小脑2个部位样品，去线性RNA建库，进行circRNAs测序，各3个重复。
结果：
1）共鉴定获得35,007circRNAs，其中 29,087（83.1%）与人类同源。
2）KEGG分析circRNAs与泛醌介导的蛋白水解、MAPK信号通路、rap1信号通路、长时程抑制/增强等代谢相关。
3）网络图分析暗示有新circRNAs以miRNA 海绵形式调控UBE4B基因的表达（图2）。结果对老年相关疾病有重要意义。
图表展示：

图2. 海马体circRNAs表达量趋势(A)和网络图(B)分析

3、全转录分析母鸡孵卵期卵巢萎缩的调控机制

相关组学：ceRNA（lncRNA，miRNA，mRNA）
研究物种：鸡
发表期刊：《Scientific Reports》
IF：4.259
合作单位：四川农业大学             
研究目的：就巢性（禽类抱蛋而窝，停止产蛋）会导致卵巢萎缩因而降低生产力。研究从全转录组水平揭示卵巢发育的调控机制。
实验方法：孵卵鸡的萎缩卵巢和同时期未孵卵母鸡正常卵巢，去核糖体建库，进行lncRNAs，mRNA和miRNA测序，各三个重复。
结果：
1）鉴定获得3,480差异表达的蛋白编码转录本，959差异表达的lncRNAs，116差异表达miRNAs。
2）经功能富集分析，差异蛋白编码基因和差异miRNAs/lncRNAs靶基因主要与生殖过程、细胞增殖、细胞死亡代谢相关。
3) 基于分析结果，构建了miRNA-基因和ceRNA两种网络图揭示孵化期母鸡卵巢发育的调控机制（图3）。
图表展示：

图3. A. ceRNA假说网络图，矩形-miRNA，椭圆-蛋白编码转录本，V-lncRNA，红色-上调，绿色-下调（相对于正常卵巢） B. lncRNA与核心基因关联预测，粉色-上调，蓝色-下调（相对于正常卵巢）

4、转录组研究开发菊花种质的SSR分子标记

相关组学：mRNA
研究物种：菊花
发表期刊：《BMC Genomics》
IF：3.729
合作单位：广州中医药大学
研究目的：菊花是重要的药用和功能性食用植物。但菊花形态特征繁多且界限模糊，使得种质鉴定困难，不利于确保药效、利用开发等。研究基于转录组开发用于菊花种质鉴定的分子标记。
实验方法：二倍体和四倍体植株取根、茎、叶、芽、幼花、成花，提取RNA后等量混合为1个二倍体样本和1个四倍体样本，去核糖体建库进行转录组测序。采集5个省份86个菊花群体，用于分子标记检测。
结果：两个样本中，KEGG/GO注释的同源基因表达量差异显著。预测获得2575个SSR个分子标记，设计20对引物（图4），其中4对引物的组合运用，鉴定成功率为88.6%。
图表展示：

图4. 20对SSR引物（列）在70份种质样品（行）中的鉴定能力,由左至右逐步降低

5、iTRAQ蛋白组揭示小麦花粉育性转换机制

相关组学：蛋白组
研究物种：小麦
发表期刊：《International journal of molecular sciences》
IF：3.226
合作单位：西北农林科技大学         
研究目的：从蛋白组学水平揭示温度敏感型细胞质雄性不育小麦花粉的育性转换机制。
实验方法：采集可育和不育系单核期（UNP）、双核期（BNP）、三核期（TNP）3个发育时期的花粉，iTRAQ标记，LC-MS/MS检测。
结果：共鉴定获得4639种蛋白，差异蛋白主要与能量代谢、淀粉蔗糖代谢、类苯基丙烷合成、蛋白合成、转运、折叠、降解有关；相比于不育系，可育系中能量、类苯基丙烷代谢相关蛋白在花粉发育过程中增加，暗示这两类代谢途径对小麦育性转换有重要意义。
图表展示：

                                     
图5. A.可育和不育系各时期差异丰度蛋白数量；B.不同GO功能分类差异蛋白数量

6、断奶前后猪肠道微生物变化

相关组学：16s rRNA
研究物种：猪肠道微生物
发表期刊：《Peer J》
IF：2.177
合作单位：山西农业大学
研究目的：肠道微生物对断奶期小猪的健康有重要作用。为深入理解断奶前后肠道微生物的变化，研究基于16s rRNA 进行了研究。
实验方法：采集小猪出生25天和75天2阶段，十二指肠、空肠、回肠、盲肠4个部位内容物进行16s rRNA V3-V4区测序，各三个重复。
结果：
1）检测的肠道菌群主要为变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门；多为不动杆菌属、普雷沃菌属、链球菌属等。
2）两个阶段对应部位的肠道微生物菌群结构差异显著（图6）。
3）功能预测揭示25天时肠道中新陈代谢和压力感应相关的微生物类群丰度较高。
图表展示：

图6. LEfSe分析揭示差异类群 A.两个时期4个部位差异类群丰度；B.两个阶段差异类群LDA得分；C.差异类群进化分枝图

文章列表
Differential expression networks and inheritance patterns of long non‐coding RNA s in castor bean seeds
CircRNAs in the tree shrew (Tupaia belangeri) brain during postnatal development and aging
Genome-wide transcriptional changes in type 2 diabetic mice supplemented with lotus seed resistant starch
Transcriptome Analysis Reveals genes involved in flavonoid biosynthesis and accumulation in Dendrobium catenatum From Different Locations
Whole-transcriptome analysis of atrophic ovaries in broody chickens reveals regulatory pathways associated with proliferation and apoptosis
Screening and characterisation of sex differentiation-related long non-coding RNAs in Chinese soft-shell turtle (Pelodiscus sinensis)
Genetic analysis for the grain number heterosis of a super-hybrid rice WFYT025 combination using RNA-Seq
SSR marker development and intraspecific genetic divergence exploration of Chrysanthemum indicum based on transcriptome analysis
Differences between fast and slow muscles in scallops revealed through proteomics and transcriptomics
Trichoderma improves the growth of Leymus chinensis
piRNA Profiling of Dengue Virus Type 2-Infected Asian Tiger Mosquito and Midgut Tissues
iTRAQ-Based Proteomics Analyses of Sterile/Fertile Anthers from a Thermo-Sensitive Cytoplasmic Male-Sterile Wheat with Aegilops kotschyi Cytoplasm
Transcriptomic study to understand thermal adaptation in a high temperature-tolerant strain of Pyropia haitanensis
Transcriptome analysis of differentially expressed genes involved in selenium accumulation in tea plant (Camellia sinensis)
Upregulation of Immune Process-Associated Genes in RAW264.7 Macrophage Cells in Response to Burkholderia pseudomallei Infection
Dynamic regulation of mRNA and miRNA associated with the developmental stages of skin pigmentation in Japanese ornamental carp
Transcriptomic analysis by RNA-seq of Escherichia coli O157: H7 response to prolonged cold stress
Characterization and comparison of the intestinal microbiota in Chinese Shanxi black pig during the weaning and nursery periods
RNA Sequence Analysis of Cassava Varieties with High-Starch Content Using De Novo Assembly
Sialotranscriptome sequencing and analysis of Anopheles sinensis and comparison with Psorophora albipes sialotranscriptome (Diptera: Culicidae)
Caspase‑9 was involved in cell apoptosis in human dental pulp stem cells from deciduous teeth
Porcine FceRI Mediates Porcine Reproductive and Respiratory
Syndrome Virus Multiplication and Regulates the Inflammatory
Reaction
Effects of Short-time Exposure to Atrazine on miRNA Expression Profiles in the Gonad of Common Carp (Cyprinus Carpio)

参考文献
[1]Xu W, Yang T, Wang B, et al. Differential expression networks andinheritance patterns of long non‐coding RNA s in castor bean seeds[J]. ThePlant Journal, 2018.
[2]Lu C X, Sun X M, Li N, et al. CircRNAs in the tree shrew (Tupaia belangeri)brain during postnatal development and aging[J]. Aging (Albany NY), 2018,10(4): 833.
[3]Liu L, Xiao Q, Gilbert E R, et al. Whole-transcriptome analysis of atrophicovaries in broody chickens reveals regulatory pathways associated withproliferation and apoptosis[J]. Scientific reports, 2018, 8(1): 7231.
[4]Han Z, Ma X, Wei M, et al. SSR marker development and intraspecific geneticdivergence exploration of Chrysanthemum indicum based on transcriptomeanalysis[J]. BMC genomics, 2018, 19(1): 291.
[5]Zhang G, Ye J, Jia Y, et al. iTRAQ-Based Proteomics Analyses ofSterile/Fertile Anthers from a Thermo-Sensitive Cytoplasmic Male-Sterile Wheatwith Aegilops kotschyi Cytoplasm[J]. International journal of molecularsciences, 2018, 19(5).
[6]Gao P, Wang H, Cheng Z, et al. Characterization andcomparison of the intestinal microbiota in Chinese Shanxi black pig during theweaning and nursery periods[R]. PeerJ Preprints, 2018.

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