表达谱测序

表达谱测序,在转录组测序的基础上发展出的一种基因表达量测定方法。对样品中的转录组RNA进行高通量测序,将得到的测序片段(reads)比对到参考序列上,计算参考序列的每个基因上reads的覆盖深度,并进行归一化,所得的结果可以用以表示基因的表达量。表达谱测序的方法相比数字基因表达谱(DGE),由于测序片段较长(PE100下为100bp),相对于较短的DGE Tags(17bp)在参考序列上存在多重配对的可能性较低;并且,由于表达谱测序与转录组测序得到的结果间不存在本质区别(只存在测序量的差别),可以交叉使用。例如,可以利用对同物种多个样本的表达谱测序结果混合后进行组装,得到该物种转录组数据;转录组数据也可以用来计算所得基因的表达量,这都是DGE所无法做到的。

 应用领域
基因表达量测定
多样本转录组组装
基因表达网络构建
疾病分类研究
 

 技术路线

信息分析

标准流程
1) 对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量reads的处理
2) 测序评估(数据比对统计,测序饱和度分析,测序随机性的统计分析,Reads在参考基因上的分布分析
3) 基因表达注释
4) 差异表达基因分析
5) 差异基因表达模式聚类分析(需要客户确定对符合哪些条件的差异表达基因做聚类分析,例如,“在不同梯度的低温处理组之间皆有差异表达的基因”)
6) GO功能显著性富集分析
7) Pathway显著性富集分析

高级分析
1) 基因差异表达的聚类和热图分析(需两个或两个以上样品)
2) 基因差异表达的的趋势分析及显著趋势的基因模块的GO,KEGG富集分析(需多个样品)
3) 基因表达的主成分分析(寻找主效基因的统计方法)
4) 定制个性化分析和图表(按老师的要求定制,需要提供方案或者参考文献)

样品要求
植物、真菌、昆虫及其他动物样品:总RNA不低于10μg,浓度不低于200ng/μL,其中植物、真菌样品要求RIN值不低于6.5, 28S/18S≥1;除人、鼠和昆虫以外的动物样品则要求RIN值不低于7.0,28S/18S≥1。
人、鼠样品:总RNA不低于4μg,浓度不低于80ng/μL,RIN值不低于7.0,28S/18S≥1。

项目运转周期
表达谱项目运转周期约为45个工作日。