原核转录组测序

微生物转录组测序技术是一种通过对单菌落微生物转录本进行测序,从而获得转录本结构信息和表达信息的单菌研究方法。微生物在特定生境或时期中会表现出基因表达差异性,以此应对环境变化。利用转录组测序技术,可以有效地对某一特定时空中的特定样本的转录本信息进行研究,从而找出关键功能基因,解答更多微生物功能谜题。

应用领域
1、基因表达量分析
2、差异基因鉴定
3、非编码RNA鉴定等

技术路线

分析内容
标准信息分析(需提供参考基因序列、参考基因组序列及基因注释结果)
1. 对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量reads 的处理
2. 比对参考基因组或参考基因序列
3. 测序与比对评估(数据比对统计,测序饱和度分析,测序随机性的统计分析)
4. 基因表达统计(基因覆盖度,表达量,表达量丰度分布)
5. 新基因的转录本预测及注释(需有参考基因组)
6. 样本关系分析(主成分分析(PCA)、相关性系数热图、样本聚类图)
7. 差异表达基因分析(两个或两个以上样品) 
    7.1 差异表达基因筛选
    7.2 差异基因散点图与火山图
    7.3 差异基因表达模式聚类分析(热图)
    7.4 差异基因GO功能显著性富集分析
    7.5 差异基因Pathway显著性富集分析 

高级分析(200bp链特异性建库,需要参考基因组)
1. 新转录本预测
2. 基因结构分析
3. 非转录区域(UTR)分析
4. sRNA分析
5. 反义转录本分析

样品要求
1.浓度≥100ng/μL,总量≥4μg的RNA
2. OD260/ 280介于1.8 ~ 2.2之间,OD260/230≥2.0,RIN值≥6.5,23S:16S≥1.0,确保RNA无降解。

项目周期
标准流程的运转周期约为50个工作日。