真核有参转录组

转录组是指某个物种特定细胞或组织在某一状态下所转录出来产生的所有转录本的集合。对真核有参生物进行转录组测序,既可定量测定每个转录本在生长过程中和不同的条件下的表达水平的变化,还可以对基因结构进行分析,研究SNP、可变剪切、基因结构优化等信息。通过新一代高通量测序,能够全面快速地获得某一物种特定组织或者器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。

应用领域
基因表达水平研究
基因结构水平研究

技术路线

分析内容

标准信息分析
(需提供参考基因序列、参考基因组序列及基因注释结果)
1.测序质量评估与原始数据过滤,去除接头序列及低质量reads
2.比对参考基因组或参考基因序列
3.测序与比对评估(数据比对统计,测序饱和度分析,测序随机性分析)
4.基因表达统计(基因覆盖度,表达量,表达量丰度分布)
5.新基因的转录本预测及注释(需有参考基因组)
6.样本关系分析(主成分分析(PCA)、相关性检验、样本聚类图)
7.差异表达基因分析(两个或两个以上样品)

7.1差异表达基因筛选
7.2差异基因散点图与火山图
7.3差异基因表达模式聚类分析(热图)
7.4差异基因GO功能显著性富集分析
7.5差异基因Pathway显著性富集分析

高级信息分析
1. SNP分析
2. 基因结构优化(需有参考基因组)
3. 基因可变剪切鉴定(需有参考基因组)

样本要求
样品需求:总量≥5μg,浓度≥ 100 ng/μl
样品纯度:动物样品, RIN ≥7, OD260/280≥1.8,28S/18S≥1.0;
样品请置于1.5 ml管中,管上注明样品名称、浓度以及制备时间,管口使用Parafilm封口。在运输前将所有样品管固定于50 ml带盖离心管,干冰运输。

项目周期
标准流程完成时间为35个工作日

参考文献
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