ATAC测序

大多数基因组中的染色质都紧紧盘绕在细胞核内,但也有一些区域经染色质重塑后呈现出松散的状态,这部分无核小体的裸露DNA区域被称为开放染色质(open chromatin),而DNA复制和基因转录都发生在这些区域。染色质的这种特性叫做染色质的可接近性(chromatin accessibility),通过研究细胞特定状态下开放的染色质区域可以在DNA水平上了解其转录调控,ATAC-seq就应用于此。

ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,染色质易开放区域测序)利用Tn5转座酶切割染色质的开放区域,并加上测序引物进行高通量测序,通过生物信息分析鉴定转录因子结合位点和核小体区域位置,从而为研究基因调控、DNA 印记等提供有效的方法。

应用领域
表观遗传:开放染色质图谱、核小体定位、转录因子结合位点分析
预测疾病分子标志物
环境胁迫
疾病发病机制

技术路线

分析内容
标准信息分析
(需提供参考基因序列、参考基因组序列及基因注释结果)
1  测序评估: 测序质量评估、碱基组成与质量分析、过滤信息统计
2  比对分析:比对基因组统计、Reads在染色体上的分布、插入片段大小分布
3  Peak分析:Peak calling、Peak长度分布、Peak深度分布、Peak富集倍数分布
4  Peak注释:Peak 相关基因分析、Peak在基因功能元件上的分布、Peak相关基因的GO/Pathway功能富集分析
5  TF-motif 分析
6  核小体定位分析
7  多样品间的差异peak分析:样品相关性分析、差异peak统计、差异peak在基因功能元件上的分布、差异peak相关基因分析、差异peak相关基因GO/KEGG功能富集分析

样品要求
样本类型:来源于培养细胞、全血及动植物组织的细胞样本;
推荐生物学重复数量:2-4个
起始细胞量:≥50000个细胞

项目周期
标准流程完成时间为50个工作日

参考文献
Thurman R E, Rynes E, Humbert R, et al. The accessible chromatin landscape of the human genome[J]. Nature, 2012, 489(7414): 75.
Wu J, Huang B, Chen H, et al. The landscape of accessible chromatin in mammalian preimplantation embryos[J]. Nature, 2016, 534(7609): 652.
Sen D R, Kaminski J, Barnitz R A, et al. The epigenetic landscape of T cell exhaustion[J]. Science, 2016, 354(6316): 1165-1169.
Qu K, Zaba L C, Satpathy A T, et al. Chromatin accessibility landscape of cutaneous T cell lymphoma and dynamic response to HDAC inhibitors[J]. Cancer Cell, 2017, 32(1): 27-41. e4.
Corces M R, Granja J M, Shams S, et al. The chromatin accessibility landscape of primary human cancers[J]. Science, 2018, 362(6413): eaav1898.