RNA-seq没有生物学重复 被审稿人argue怎么办? 返回

随着测序价格不断下降,主流SCI杂志对NGS类项目设计的要求也越来越高。例如RNA-seq类的项目,审稿人经常会问:为什么没有设置生物学重复?

这不是废话嘛,谁都知道生物学重复多多益善,但是有时候还是要考虑一下科研经费……毕竟二代测序虽然在降价,但测一个样本不是喝一瓶矿泉水一般简单,毕竟还是要几千RMB的。

如果辛辛苦苦写完一篇论文,审稿人揪着没有生物学重复的问题不放,那该怎么办?你要放下怨气,即使有时候审稿人也是无脑纠缠。然后,也不要屈服(难道回实验室把实验再重复一遍么?)。下面给大家回复审稿人疑问的建议。

首先,回复态度一定要好。“审稿人大人,我知道生物学重复很重要,但是经费限制所以没有设置重复啊”。都是同行,轻虐……光光服软还不行,还要拿出真功夫,还是要从文章涉及的具体内容上回复审稿人的建议。

一般一篇RNA-seq类的文章,其结论主要涉及两个方面的问题。对于文章中结论中涉及的具体与某个性状相关的基因,还是建议你把与结论重要的相关基因使用Qpcr验证一遍,然后就有底气回复了:“虽然没有重复,Qpcr的结果支持我的关注的这些基因嘛”。如果你的文章重点讨论的是某些通路或一类基因集合,全部Qpcr验证一遍工作量太大,不现实。还有一个办法,去数据库查找类似的研究数据来支持我们的结论。例如,华南农大周碧燕教授今年刚刚发表的研究超氧化物对荔枝退化叶影响的文章(查看文献解读,请回复XXX)。虽然设计了重复,审稿人依然不过瘾:能不能再找些证据。在和周教授协商后,我们从NCBI下载了一篇研究超氧化物对拟南芥影响的文章的数据。在进行分析比较后,我们发现拟南芥差异表达基因几乎在荔枝的差异基因中都能找到同源基因。于是,审稿人就再也不提这个问题了。如果是医学类的项目,找到同类数据应该理论上也更加容易。

当然,如果要发表5分以上的文章,建议还是设置生物学重复比较保险一些。以上的策略,也只能保证能够应答大部分审稿人的质疑,但有时候也会遇到死揪不放的审稿人。那么,额,还是撤稿换投吧,说不定知音就在下一家杂志社哟。

在后续,我们会继续与大家分享一些没有生物学重复,但依然发表高分期刊的文献。