Q1：扩增子项目取样时可以进行混样处理吗？

A：可以。使用一定大小的群体同时进行实验处理，然后混样作为一个生物学重复，能够减少生物学重复样本间的遗传背景差异，有利于发表文章发表。

参考文献：

Xiong, W., Wang, Y., Sun, Y. et al. Antibiotic-mediated changes in the fecal microbiome of broiler chickens define the incidence of antibiotic resistance genes. Microbiome 6, 34 (2018). https://doi.org/10.1186/s40168-018-0419-2

Q2：beta多样性结果中的Anosim盒型图怎么看？

A：根据分组信息，基于样本间unweighted_unifrac距离的秩（rank），使用盒形图展示Anosim检验结果。通过比较组内和组间的轶均值，从而获得分组差异信息。其中 R值表示差异程度，一般介于（0，1）之间，R>0，说明组间存在差异，一般R>0.75：大差异；>0.5：中等差异，>0.25：小差异。 R等于0或在0附近（因为R偶尔也会<0，但一般认为是无效数据），说明组间没有差异。 统计分析的可信度用 P-value 表示，P< 0.05 表示统计具有显著性。

16s+转录组研究高脂饮食诱导的肠道微生物代谢障碍对精子发生和精子运动的损害

合作单位：广东工业大学

发表期刊：GUT

目的：高脂饮食（HFD）引起的代谢紊乱可导致精子产生受损，研究HFD诱导的肠道菌群失调是否能在功能上影响精子发生和精子运动。

取材：6周龄C57BL/6雄性小鼠，将小鼠随机分为正常日粮组(ND)、高脂日粮组(HFD)、正常日粮菌群转移组(ND- fmt)和高脂日粮菌群转移组(HFD- fmt)(每组6只，每笼3只)。在ND和HFD（45%脂肪含量饲喂）饲喂4周后，收集粪便样本移植入两个转移组中，转移组小鼠接受正常饮食。所有小鼠在饲喂15周后收集粪便样本、睾丸组织样本进行16s、转录组测序 

结果：将HFD肠道微生物移植到ND饲喂的（HFD-FMT）小鼠中会导致精子发生和精子活力显着降低，对微生物群的分析显示，拟杆菌属和普雷沃特氏菌属大量增加，这两者均可能导致HFD-FMT小鼠的代谢性内毒素血症。在人类样本中拟杆菌属（Bacteroides）和普氏杆菌属（Prevotella）的丰度与精子活力负相关，血液内毒素与拟杆菌属之间呈正相关。

用HFD微生物移植还导致T细胞和巨噬细胞的肠道浸润以及附睾中促炎性细胞因子的显着增加，这表明附睾炎症很可能导致了精子活力的损害。RNA-seq结果显示，HFD-FMT小鼠中参与配子减数分裂和睾丸线粒体功能的基因的表达显着降低。

图1 临床样本中拟杆菌属（Bacteroides）和普氏杆菌属（Prevotella）与精子活力及血液内毒素的相关性分析。

参考文献

Ding, Ning, et al. "Impairment of spermatogenesis and sperm motility by the high-fat diet-induced dysbiosis of gut microbes." Gut 69.9 (2020): 1608-1619.