DAP-seq-基迪奥生物

DNA亲和纯化测序（DAP-seq，DNA Affinity Purification sequencing），通过体外构建表达转录因子（TF，Transcription Factor）蛋白，与目标基因组片段结合，针对把目的蛋白所结合的基因组DNA片段进行富集。通过与高通量测序技术的结合，对DAP后的DNA产物进行测序分析，从全基因组范围内寻找目的蛋白的DNA结合位点，以高效率的测序手段得到高通量的数据结果。

DAP能够有效解决CHIP技术缺乏目的蛋白特异性抗体的限制，适用范围更广。

应用领域

1. 转录因子结合位点和功能研究；

技术路线

分析内容

标准信息分析

（需提供参考基因序列、参考基因组序列及基因注释结果）

1 测序评估: 测序质量评估、碱基组成与质量分析、过滤信息统计

2 比对分析：比对基因组统计、Reads在染色体上的分布、测序深度与饱和度分析

3 Peak分析：Peak calling、Peak长度分布、Peak深度分布、Peak富集倍数分布

4 Peak注释：Peak 相关基因分析、Peak在基因功能元件上的分布、Peak相关基因的GO/Pathway功能富集分析

5 motif 分析

6 各处理组peak合并及多样本聚类：peak丰度计算、PCA分析、相关性热图分析

7 处理组共有特有peak分析：比较组共有特有peak及相关基因统计、GO富集分析、KO富集分析

8 组间peak差异分析：差异peak统计、组间差异peak相关基因分析、GO富集分析、KO富集分析

基迪奥执行的部分转录因子

转录因子家族	物种	转录组因子家族	物种	转录组因子家族	物种
GATA	水稻	FT	水稻	COL	矮牵牛，黄瓜
ARF	油菜	SMAD	斑马鱼	HB	拟南齐，桃子
ARF17	玉米	TCP7	苹果叶片	MYC	丹参，橡胶树
B3	蓖麻	MBF2	小菜蛾	HSF	玉米，木薯
BES	地钱	RAV	陆地棉	LBD	杨树，桃子，红豆杉
LEC1	油菜	RWP-RK	珍珠粟	GRAS	小麦袧橘，菜心
GT	草莓	FT	水稻	TALE	大豆，玉米，番茄
IRP	刺参	PRRs	大豆	TCP	大豆，木著，水稻，菊花
SBP	水稻	TT1	油菜	MADS	水稻，玉米，甘薯，番茄
CAMTA2	番茄	Tox3	小鼠	SPL	相橘，揪树，玉米，甜橙，薄壳山核桃
CCT	薏苡	TAGATA	小麦	HD-ZIP	樱桃，玉米，板栗，番茄，称猴桃
DBB	水稻	WUS	菊花	MYB	文冠果，番木瓜，酵母，陆地棉，马铃薯
PHD6	大豆	YABBY	冬瓜	NAC	梅花，水稻，玉米，甘薯，白菜，康乃馨，捞猴桃，梨
PR	高粱	ZFP4	生菜	C2H2	玉米，番茄，真菌，荔枝，慧叹，坛紫菜，半滑舌鳎
ERK2	牡蛎	CNC	长牡蛎	ERF	大豆，小麦，桃子，番茄，茶树，疲萝，龙眼，矮牵牛无花果，平邑白茶叶片
RUNT	马氏珠母贝	AP2	花生,蓖麻	bHLH	玫瑰，虾夷扇贝，大豆，木薯，杨树，水稻，茶树，火龙果，矮牵牛，马铃薯
STE	家蚕微孢子虫	APRR2	油菜,番茄	bZIP	辣椒，白杨，半滑舌鳎，草苺，水稻，菊花，谷子，坛紫菜，矮牵牛，文冠果，酵母
NF-kB	太平洋牡蛎	BZR	小麦,文冠果	WRKY	木瓜，桃子，油菜，玉米，甘庶，甜橙，番茄，白梨，芒果，苹果，水稻，番木瓜
RWP-RK	珍珠粟	DOF	菊花,丹参	MBD	涡虫，丹参，木棉，相橘，梨花，油松，油菜，甘荒，甜橙，番茄，盐齐，节瓜，茶叶，草苺，黄岑

样品要求/项目周期

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参考文献

[1] Omalley R C, Huang S C, Song L, et al. Cistrome and epicistrome features shape the regulatory DNA landscape[J]. Cell, 2016, 165(5): 1280-1292.

[2] Bartlett A, Omalley R C, Huang S C, et al. Mapping genome-wide transcription-factor binding sites using DAP-seq[J]. Nature Protocols, 2017, 12(8): 1659-1672.

[3] Stigliani A, Martinarevalillo R, Lucas J, et al. Capturing Auxin Response Factors Syntax Using DNA Binding Models[J]. Molecular Plant, 2019, 12(6): 822-832.

Q1：和ChIP-seq相比，DAP-seq有什么样的优势？

A：DAP-seq在体外构建表达目标转录因子蛋白，与DNA在体外结合，之后进行纯化、测序。ChIP-seq则是在蛋白与DNA体内结合的基础上，利用蛋白特异性抗体捕捉与蛋白结合的DNA片段，进行后续的纯化与测序，因此两者最大的差别在于是否需要转录因子蛋白特异性抗体。

Q2：每种转录因子都可以做DAP-seq吗？

A：不是的，某些基因家族成功率高，某些基因家族成功率低，因此客户可以先将感兴趣的转录因子信息反馈给我们公司，对该基因家族DAP-seq成功率做出初步评估，评估通过后进行后续的实验。

Q3：没有参考基因组的物种可以做DAP-seq吗？

A：不可以，当前没有参考基因组的物种不能做DAP-seq。

DAP-seq和RNA-seq揭示涉及钙调蛋白的调控网络控制干旱诱导花脱落过程中植物砜肽加工

合作单位：沈阳农业大学

发表期刊：Plant Cell

目的：干旱胁迫导致作物减产，其中番茄等作物的花和果实过早脱落是重要原因。植物磺化肽（PSK）在干旱诱导的花脱落中起关键作用，但其激活机制尚不明确。钙离子（Ca2+）作为第二信使，通过钙调蛋白（CaM）参与植物逆境响应，但CaM如何调控脱落过程仍不清楚。此外，生长素（auxin）作为抑制脱落的主要激素，其与Ca2+/CaM信号及PSK肽的关联机制有待探索。本文聚焦番茄花梗离区（Abscission Zone, AZ），旨在解析干旱条件下CaM、转录因子SISR3L及蛋白酶抑制剂SlPI26如何协同调控PSK信号通路，从而精确控制花脱落。

取材： RNA-seq：比较野生型（WT）与SlSR3L突变体在干旱处理后AZ的基因表达差异。取样方案为取干旱处理7天的番茄花梗AZ组织，提取总RNA进行测序，鉴定差异表达基因（DEGs）。 DAP-seq：鉴定SISR3L的DNA结合位点。取样方案为构建番茄AZ基因组DNA文库，与重组SISR3L-Halo蛋白孵育后富集结合片段，进行高通量测序。

结果： SlCaM2/SlCaM6-SISR3L模块调控SlPI26表达：干旱诱导AZ中SlCaM2表达，其与SlCaM6共同结合转录因子SISR3L，增强后者对SlPI26启动子的抑制，降低SlPI26表达。 SlPI26抑制PSK成熟：SlPI26特异性抑制蛋白酶SlPhyt2活性，阻止PSK前体（proPSK）加工为活性PSK肽。Slpi26突变体干旱下花脱落率显著升高，而SlPI26过表达则抑制脱落。生长素信号调控SISR3L稳定性：干旱降低AZ中生长素水平，削弱SlNPH3-SlCUL3复合体介导的SISR3L泛素化降解，从而稳定SISR3L蛋白，强化对SlPI26的转录抑制。功能冗余与协同机制：SlCaM6可部分补偿SlCaM2功能缺失，双突变体Slcam2 Slcam6在干旱下花脱落率极低（约20%），揭示CaM家族的功能冗余性。该研究阐明了干旱通过整合钙信号与生长素信号，精确调控PSK肽生成以诱导花脱落的分子网络，为作物抗逆育种提供新靶点。

图1 转录因子SlSR3L的DAP-seq分析

参考文献

Wang, Sai, et al. "A regulatory network involving calmodulin controls phytosulfokine peptide processing during drought-induced flower abscission." The Plant Cell 37.1 (2025): koaf013.