Lnc RNA测序-基迪奥生物

长链非编码RNA（long non-coding RNA， LncRNA）是近年来引起广泛关注的一种具有独特的调控功能的非编码RNA。LncRNA的长度在200nt以上，不编码蛋白，物种间保守性较差，有的序列结构与mRNA相似（含有polyA尾，存在可变剪切），有的则无这些特征。目前的研究对LncRNA的产生和功能机制尚未有明确的认识，但已有多种具有重要生物功能（如癌症发生、X染色体沉默以及与其他调控因子作用构成复杂调控网络等）的LncRNA被发现。

基迪奥生物使用高通量测序的方法，可以在样品totalRNA中大量、快速的筛选lncRNA，并对其进行注释与功能预测。

应用领域

1. 新lncRNA找寻与预测；

2. 疾病研究；

3. 调控网络研究。

技术路线

分析内容

1. 标准信息分析

a) 测序数据评估；数据比对统计，测序饱和度分析，测序随机性的统计分析，Reads在参考基因上的分布分析

b) 已知 lncRNA 的识别与注释

c) 转录本重构与新lncRNA预测

d) LncRNA 表达量的统计

e) LncRNA 样本关系分析

f) LncRNA差异分析

g) LncRNA 家族分析

2. 高级信息分析

a) lncRNA 位置分类（Intergentic lncRNA，Intronic lncRNA，Cis-antisense lncRNA)

b) 候选lncRNA的保守性分析

c) 贯穿分析（需同一样品的不同水平数据，如跟sRNA测序结果关联。可参考miRNA-TF-gene network分析方案，或者miRNA-LncRNA关联分析）

d) 候选基因分析（某种表达模式基因或者非编码基因，或者转录因子，需指定）

e) 定制图表（可按老师提供的参考文献或者要求制作）

f) 定制个性化分析（老师提供方案或者参考文献）

样品要求/项目周期

请咨询当地销售或拨打电话：020-84889324、020-84889314了解详情。

参考文献

[1] Zheng W , Chen C , Chen S , et al. Integrated analysis of long non-coding RNAs and mRNAs associated with peritendinous fibrosis[J]. Journal of Advanced Research, 2018.

[2] Liu Q , Kong Y , Han B , et al. Long Non-coding RNA Expression Profile and Functional Analysis in Children With Acute Fulminant Myocarditis[J]. Frontiers in Pediatrics, 2019, 7:283.

Q1：lncRNA测序对物种有什么要求？为什么需要构建链特异性文库？

A：LncRNA测序要求所研究的物种必需有参考基因组。构建链特异性文库的原因：很多基因在基因组上具有正负链的转录本，反义转录是真核基因的一个特征，是一种重要的调控方式。使用链特异性文库能够保留RNA的方向性信息，可以确定转录本来自正链还是负链，以便更加准确的获得基因的定性结果以及基因表达信息。

Q2：怎么发现新的lncRNA？

A：组装→算法→进行预测

Q3：lncRNA可以在原核中做吗？

A：纯分析的角度是可以的。但是关于原核生物lncRNA的文献报道还比较少，所以原核生物上做lncRNA还是存在一定风险。

全转录组研究Thiram暴露对鸡软骨细胞增殖与分化的调控机制

合作单位：四川农业大学

发表期刊：Journal of Hazardous Materials

目的：Thiram是一种农业杀虫剂，已被证明可诱导鸟类胫骨软骨发育不良(TD)。环状RNA (circRNAs)是一类新型的功能性生物大分子，其独特的环状结构在各种生物过程和疾病中起着至关重要的作用。然而，非编码RNA参与thiram诱导的肉鸡胫骨软骨发育不良的精确调控机制仍然是未知的。

取材：暴露10天的肉仔鸡模型来评估TD，取TD组(n = 3)和对照组(n = 3)的鸡软骨中分离总rna进行全转录组测序。

结果：1）在本研究中，我们建立了暴露10天的肉仔鸡模型来评估TD，并通过RNA测序获得了ceRNA网络。

2）通过分析差异表达的circRNAs网络，作者发现circ_003084在TD软骨中显著上调。升高的circ_003084抑制TD软骨细胞的增殖和分化，但促进细胞凋亡。

3）机制上，circ_003084与miR-130c-5p竞争性结合，阻止miR-130c-5p降低BMPR1A水平，从而上调凋亡基因Caspase 3、Caspase 9、Bax和Bcl2的表达，最终促进细胞凋亡。

4）综上所述，这些发现表明circ_003084/miR-130c-5p/BMPR1A相互作用调节TD鸡软骨细胞增殖、凋亡和分化。

5）本研究首次揭示了circrna相关的ceRNA调控thiram诱导的TD的机制，为环境毒理学研究提供了重要参考。

图1. 对照组与TD组鸡胫骨软骨转录组分析

参考文献

Xu H, Jiang Y, Lu Y, et al. Thiram exposure induces tibial dyschondroplasia in broilers via the regulation effect of circ_003084/miR-130c-5p/BMPR1A crosstalk on chondrocyte proliferation and differentiation[J]. Journal of Hazardous Materials, 2024, 465: 133071.