细菌基因组测序分析-基迪奥生物

细菌基因组de novo测序，是在无参考基因组的情况下，对细菌基因组进行组装并依据组装的完整基因组进行注释展开下游分析的产品。这里结合三代测序的较长读长优势和二代测序的高通量特性，为组装出高质量细菌基因组提供可靠保障。随着研究的发展，围绕细菌基因组展开精细化研究已成为必然趋势，通过测序完成细菌基因组完成图，为推动后续研究提供了基因组基础。

应用领域

1.食品、能源等工业领域工程菌构建

2.细菌遗传进化分析

3.细菌耐药性、致病性迁移机制

4.辅助多组学分析

技术路线

分析内容

1.数据质控统计

2.基因组圈图

Pacbio序列组装

Illumina序列基因组校正

3.基因组组分分析

编码基因预测

tRNA预测

rRNA预测

sRNA预测

散在重复序列预测

串联重复序列预测

转座子预测

CRISPR预测

基因岛预测

前噬菌体预测

4.基础功能分析

Nr注释

Swiss-Prot注释

GO注释

KEGG注释

COG注释

5.高级功能分析

PHI宿主互作注释

TNSS效应蛋白预测

CARD耐药基因注释

VFDB毒力因子注释

Pfam注释

CAZy注释

含信号肽蛋白预测

跨膜蛋白预测

分泌蛋白预测

双组分系统预测

次级代谢基因簇预测

高级分析

共线性分析

基因家族分析

共有性分析

进化树分析

SNP统计

Indel统计

SV统计

样品要求/项目周期

请咨询当地销售或拨打电话：020-84889324、020-84889314了解详情。

参考文献

[1] Liu J, Yang L, Chen D, et al. Complete sequence of pBM413, a novel multidrug resistance megaplasmid carrying qnrVC6 and blaIMP-45 from pseudomonas aeruginosa. Int J Antimicrob Agents. 2018;51(1):145‐150. doi:10.1016/j.ijantimicag.2017.09.008

Q1：对于细菌基因组，我们目前提供的基因预测方法有哪几种？

A：2种，一是基于NCBI预测，二是基于Prokka预测。

Q2：细菌基因组前期准备工作？

A：（1）送样前建议菌种鉴定，确定是否目标菌种

（2）同属/种菌的基因组大小、GC含量、质粒数目等调研，大小/GC含量等信息和后续组装结果指标相关。

Q3：细菌基因组测序中比较基因组分析是什么，有哪些常规内容分析？

A：细菌基因组比较基因组分析，主要是分析有亲缘关系的细菌基因之间的差别，通过比较基因组分析亲缘远近关系，特有和共有基因以及共线性分析等，对特有基因进行功能注释，解析近缘关系细菌间生理或形态差别的原因。目前比较基因组常规的分析内容有基因家族分析、基于单拷贝同源基因的选择压力分析、进化树分析、共线性分析。

细菌完成图工程化短波单胞菌在生物膜存在下增强聚对苯二甲酸乙二醇酯微塑料的降解

发表期刊：Science of The Total Environment

合作单位：江南大学

目的：通过工程改造Stenotrophomonas pavanii，使其能够过表达PET水解酶，从而在室温下显著提高PET微塑料的降解效率

取材：将DuraPETase基因插入到粘质沙雷菌中，构建工程菌G1-PET，取构建的工程菌测定基因组。

结果： 粘质沙雷菌具有较强的生物膜形成能力，优于PET降解菌Ideonellasakaiensis。通过基因组测序，从粘质沙雷菌中鉴定出9种内源PET水解酶，其中Est_B能够在4小时内将BHET完全降解，被确定为一种新型BHET酶。工程菌G1-PET表现出显著的PET降解能力，在30天内将高结晶度PET微塑料降解至38.04μM的总产物释放量，优于低生物膜形成能力的工程菌。G1-PET在多种水环境中均表现出良好的PET降解活性，并能够降解PBAT、PBT等其他聚酯材料。通过筛选粘质沙雷菌的内源启动子和信号肽，进一步提高了G1-PET的PET降解活性。

图1.生物膜在PET表面富集DuraPETase的示意图

参考文献：

Huang Q S, Chen S Q, Zhao X M, et al. Enhanced degradation of polyethylene terephthalate (PET) microplastics by an engineered Stenotrophomonas pavanii in the presence of biofilm[J]. Science of The Total Environment, 2024, 955: 177129.