人重测序-基迪奥生物

人重测序通过对人类不同个体或群体进行全基因组重测序，并在个体或群体水平上进行生物信息分析，获得全面的SNP/InDel/CNV/SV等变异信息，并识别和研究与疾病、种群进化相关的编码区域内的结构变异。结合大量的公共数据库提供的数据，有利于更好地解释所得变异结构之间的关联和致病机理。

应用领域

1. 已知候选位点筛选及验证

2. 稀有或新变异位点检测

3. 个性化诊断、药物靶点筛选

技术路线

分析内容

标准信息分析：

高级信息分析

定制化分析

1. 数据质控（原始数据过滤、碱基组成及质量分析）；

2. 与参考序列进行比对、统计测序深度及覆盖度；

3. 外显子区域变异检测、统计测序深度及碱基覆盖度；

4. SNP检测、变异类型统计、位置信息统计、杂合性分析、新发现SNP统计等；

5. InDel检测、变异类型统计、位置信息统计、杂合性分析、新发现InDel统计等；

6. CNV检测及位置信息统计、功能注释、基因组分布；

7. SV检测及位置信息统计、功能注释；

8. 变异注释（SNP、InDel)、变异频率分析、有害性预测、临床相关性分析、突变基因功能分析；

9.候选目标筛选（变异频率筛选、有害性筛选、基因功能筛选）。

1. 肿瘤高级分析（需提供配对样本）

1) SNP/InDel 检测、变异类型统计、位置信息统计、变异位点功能注释等；

2) Somatic 变异 Circos 展示图。

2. 肿瘤驱动基因分析（需提供配对样本，建议样本数 >50 ）

1) 已知驱动基因筛选；

2) 高频突变基因统计及通路富集分析；

3) 基于 Oncodrive CLUST 驱动基因预测；

4) 高频 CNV 分析及重现；

3. 肿瘤特征分析（需提供配对样本，建议样本数 >20 ）

1) 癌症突变类型统计分析；

2) NMF癌症特征分解；

3) 突变特征聚类；

4) 突变特征功能注释。

异质性分析（需提供配对样本，单样本最低测序深度不低于200x）

1) 肿瘤纯度与倍性分析；

2) 亚克隆数目分析；

3) 突变细胞CCF分析；

4) 肿瘤进化树；

5) 克隆突变聚类展示；

6) 肿瘤样本PCA分析。

样品要求/项目周期

请咨询当地销售或拨打电话：020-84889324（医学）、020-84889314（农学）了解详情。

参考文献

[1] Long T, Hicks M, Yu H C, et al. Whole-genome sequencing identifies common-to-rare variants associated with human blood metabolites[J]. Nature genetics, 2017, 49(4): 568.

[2] Brown A A, Viñuela A, Delaneau O, et al. Predicting causal variants affecting expression by using whole-genome sequencing and RNA-seq from multiple human tissues[J]. Nature genetics, 2017, 49(12): 1747.

[3] Yuen R K C, Merico D, Bookman M, et al. Whole genome sequencing resource identifies 18 new candidate genes for autism spectrum disorder[J]. Nature neuroscience, 2017, 20(4): 602.

[4] Luo Y, de Lange K M, Jostins L, et al. Exploring the genetic architecture of inflammatory bowel disease by whole-genome sequencing identifies association at ADCY7[J]. Nature genetics, 2017, 49(2): 186.

Q1: 全基因组测序的测序深度如何选择？

A: 测序深度根据研究目的、样本量及经费而定。30×测序深度即可检测绝大部分SNV，但如果研究目的是寻找癌组织中较大的结构变异、少数肿瘤细胞携带的丰度较低的突变，建议测序深度至少50×以上；群体重测序可以使用较低深度测序（约10×），用群体分析策略寻找相关变异。

利用GWAS研究氯吡格雷的药代动力学

合作单位：广东省人民医院

发表期刊：《Clinical Pharmacology & Therapeutics》

影响因子IF：7.268

研究背景：

氯吡格雷是一种心血管疾病药物，可以抗血小板凝集。其中体内吸收后，必须转化为活性代谢物才可以起作用。而不同个体对此药物的代谢转化能力不同，也决定了每个个体的最优用药量不同。因此，寻找中国人群影响氯吡格雷代谢的突变位点，能够为指导用药提供理论依据。

研究思路：

图1 文章研究思路

研究结果：

1. GWAS分析结果得到两个转运基因SLC14A2(rs12456693)和[ABC]A1(rs2487032)、N6AMT1(rs2254638)与抗血小板凝聚效果和血液H4浓度相关。这些候选基因与之前报道的氯吡格雷代谢相关基因CYP2C19*2、其他临床因素（性别、治疗方式）一起将对药效变异的解释度提高到37.7%。

2. 在独立群体中进行第二阶段的药代动力学指标、H4浓度检测、肝代谢实验验证，和第三阶段的治疗效果临床验证，都证明这些基因的变异影响氯吡格雷的药代动力学。

3. 同时发现N6AMT1(rs2254638)可提高患其他心脏疾病的风险。

图1 药效（PRU）与氯吡格雷代谢物H4浓度的GWAS分析结果

文章亮点：

参考文献：

Zhong W P, Hong W U, Chen J Y, et al. A genome-wide association study identifies novel genetic loci that modify antiplatelet effects and pharmacokinetics of clopidogre [J]. 2016(10).