在KEGG主页就可以看到它有6个在线工具，如下图：

1. Blast/FASTA：单序列blast
2. BlastKOALA： 多序列批量的blast
3. KEGG mapper：检索pathway 的通路图以及修改通路图
4. GhostKOALA：mega注释与通路
5. KEGG Atlas：数据库中的通路，全局查看
6. SIMCOMP：化合物结构查看
目前比较常用的是前面3种，今天我们重点介绍一下多序列比对。总的来说，只要下面3个步骤就可以了。
          

具体操作有以下3步：

1、在官网提交序列数据

首先登陆KEGG官网：http://www.kegg.jp/

然后点击【BlastKOALA】进入主界面

其中包括：
1）提交序列文件，为Fasta格式的蛋白序列文件；

2）Enter taxonomy group of your genome
     选择物种类型（区分原核、真核）
3）Enter KEGG GENES database file to be searched
     默认即可
4）Enter your email address
     填写你的邮件（提交任务后，需要从邮箱确认，结果也将会发送到邮箱）
5）提交任务，并从个人邮箱确认

提交序列之后，KEGG将会发送邮件确认。

2、邮箱确认
KEGG会给你发邮件（就是你提交序列的时候留下的邮箱号），让你确认是否进行所要求的比对。确认邮件是下面这样的，点击submit即可。

确认后，你的序列比对任务就被提交到KEGG的超算系统了。

3、得到结果并查看
一般序列比对快则几分钟，慢则一个小时（取决于排队的任务数据）。比对结果将会以邮件的形式发到邮箱。
  
KEGG结果邮件的内容大概如下：

注意：结果只在官网保留7天；所以建议大家下载结果图片与数据到本地。否则7天后，就只能重新分析。

3、KEGG分析的结果

分析结果（共3部分）：
1）Your BlastKOALA job（任务完成情况的记录）；
2）Annotation data（注释信息）；
3）KEGG Mapper （这四个基因在代谢通路、功能层级、模块中的信息）。

关于注释信息部分
      如果你关注注释信息，也可以直接下载。 


但是要注意：
1）注释的文本需要使用notepad+ 打开
Notepad + 显示：一共四行

window自带的记事本无法正确识别linux中的换行符
记事本显示：不换行

2）内容很简单，就是序列名称对应的KEGG基因编号。但这个内容可以用于后续PPT中的给KEGG通路图调色。

最后，如果你关注pathway，就点击：Reconstruct pathway，你提交的4个基因处于pathway哪个位置都已经在图中被标注出。

更多基迪奥精彩原创文章，可继续关注我们网站动态发布，同时关注基迪奥微信~扫一扫添加基迪奥好友~随时随地关注行业动态！