如何自学生物信息学? 返回

下面是我们整理出来生物信息学入门建议,大家一起来自学~

1、了解整个流程
想要找一些有用的数据,那么你最好要有一个outline,需要知道数据从哪儿来的,怎么产生的?这其实就是测序仪的工作原理。
然后是数据质量检验,为什么需要数据过滤?接着是reads拼接和组装。
总之,要对整个流程有一个认识,然后在学习的过程中,再不断回头对比这个流程,这样才不会出现方向不明的状况。

推荐看一下这本书《Bioinformatics for High Throughput Sequencing》
点击网址:
http://link.springer.com/book/10.1007/978-1-4614-0782-9/page/1

2、适当练习
有了基础知识的铺垫,就可以尝试着自己做些练习了,paper上面都会给出他们的数据、原码地址,可以找来自己试试,先看看自己能不能做出一样的效果。当然,如果这时你手里正好有项目,那就更好。

另外,学习生物信息,paper是肯定要跟踪。这两个网站大家可以经常看一下:
1、
http://www.homolog.us/blogs/
它覆盖生物信息有趣的论文, 算法,以及生物科学问题。这个网站还汇集了很多生物信息领域科学家的博客。

2、
http://www.rna-seqblog.com/
这个网站会推荐新的论文、工作、培训课程、大型会议等。

此外,如果你是生物背景的,那么计算机方面的知识也需要学习一下:

1、需要熟悉在linux环境下工作
熟悉掌握基本技能,比如从源码编译安装软件、PATH配置、使用google找到问题的答案等。

2、学会使用python/perl
比如在运行一个软件时老是报错,那么问题就可能出现在一个包含几十万行的文本文件里,有随机的几千行的末个位置多一个冒号,这时候你需要知道怎么处理?

3、学会R
需要从一大堆基因里面找出表达水平变化的基因来,需要统计分析和显著检验;而要把我们的数据更直观地呈现,最好的方式就是图形。而这两个需求,R都可以满足。当然matlab也是可以的,而它们的区别就在于R是开源工具。
(所以这次生物信息培训班我们重点围绕这一部分进行阐述了解详情可以点击进入

如果你已经具备了上述技能,那么常用的软件就能用起来了。但是随着学习的深入,可能遇到别人从未遇到过的问题,这时候就需要自己思考解决了,要么修改现成的工具,要么自己做一个出来。这时候,除了python/perl,或许还可以学学C/C++/java,或许需要研究下比如BWT、De Bruijn Graph背后的原理。

如果以上这你都会了,那你已经成功进入生物信息分析工程师行列了。
以上就是我们建议的生物信息入门要点。


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