这篇文章是研究水产动物的致病机制，做了4个样品的转录组测序，发表在《Fish&Shellfish Immunology》5月刊上。
文章中的转录组测序数据分析都是在基迪奥做的，合作单位是：水科院珠江水产研究所。

虽然是一篇思路简单的转录组文章，但是它的2点行文思路是非常高效。一是解读相关的数据，二是寻找重要的明星分子。所以才能够从一堆杂乱数据中找到感兴趣的信息，整理并发现规律，从而解释生物学问题。

一、项目背景：
传染性脾肾神经坏死病毒（ISKNV）可在鳜鱼中引起高死亡率，对水产养殖业造成了巨大的经济损失，然而对于病毒感染和致病的分子机制还不清楚。为了阐明病毒的致病机制，本文对感染ISKNV 24h，72h后的鳜鱼脑细胞系，以及未感染control共4个样品进行转录组测序和差异基因表达分析。（只做了4个样品的转录组测序）

二、总体思路：

做完4个样品的转录组测序后，得到了非常多的数据，作者对部分数据进行讨论。

1、只解读相关的数据
进行差异分析及GO/KO功能富集分析后，发现最多基因富集的10条通路跟病毒感染并没有关系。

作者果断舍弃这些通路，然后去挖掘那些与研究目的有关的通路和基因。
作者提取了部分与免疫和炎症反应相关的通路，并重点讨论在病毒感染中起着重要作用的两条信号通路：RLR信号通路和Apoptosis信号通路。


RLR pathway:
RIG-I样受体(RIG-I like receptors, RLR)是一类模式识别受体,能够识别细胞质中的病毒RNA,通过RLR级联信号诱导干扰素和促炎症细胞因子的产生,对抗病毒天然免疫的建立起着非常重要的作用。

作者把RLR通路相关基因找出，并仔细分析了这些基因的表达量上下调情况，从而得出结论： NF-kB是RLR信号通路的下游转录因子，在宿主抗病毒侵染过程中起着重要作用。结果表明，ISKNV感染可能通过过表达IKKB-α、IKKB-β和抑制IRAK-4的表达，来抑制宿主NF-kB的激活。


Apoptosis pathway:
众所周知，细胞凋亡在抗病毒防御中起着非常重要的作用。作者同样把细胞凋亡通路相关基因找出，并仔细分析了这些基因的表达量上下调情况，发现与外源凋亡途径相关的基因（如TRAF, CASP8, CASP3, p53等）在24h和72h都显著上调，而与内源凋亡途径相关的Cyt-c显著上调，而下游效应蛋白Apaf1和BCL2却显著下调，说明ISKNV感染能诱导细胞凋亡，并且主要是由TNF介导的外源凋亡途径。

后续的细胞凋亡实验也验证了ISKNV感染鳜鱼能引起细胞凋亡：


2、寻找明星分子
NF-kB作为一个重要的转录因子，在病毒感染细胞引起的一系列免疫应答中自然必不可少，在RLR-pathway、Apoptosis-pathway等通路中都是起着关键的作用，能够诱导干扰素、促炎症细胞因子的产生。模式识别受体信号通路、细胞凋亡信号通路等都是已被证明的病毒感染中很重要的通路，这篇文章重点讨论了RLR-pathway、Apoptosis-pathway和NF-kB，自然是观点更加鲜明！

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