基迪奥Meta 16S rDNA/ITS测序——你的环境微生物研究好帮手 返回

16S rDNA/ITS序列的高变区具有属或种的特异性,是最常用的细菌/真菌种群分类和鉴定标准。Meta 16S rDNA/ITS测序通过扩增环境样品DNA中的16S rDNA/ITS高变区,并进行高通量测序,检测16S rDNA/ITS的序列变异和丰度,反映环境样品中细菌/真菌的组成和丰度,并提供环境样品微生物种群结构、系统进化、群落比较等诸多信息,在微生物分类鉴定、微生态研究方面起到重要作用。



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结果展示:

图1. 不同样品物种相对丰度的分类树展示

图2. 最佳分类水平上的bray距离聚类分析及物种组成堆叠图


案例:Meta 16s rDNA测序揭示高寡聚糖饮食对肠道微生物环境的影响[1]

寡聚糖被认为对生长和维持肠道微生物健康有益。为了研究寡聚糖饮食对胖子和瘦子的生长和肠道微生物环境的影响,对5只胖小鼠和5只瘦小鼠同时喂养高低聚果糖饲料8周,然后测量体重变化,并用Meta 16s rDNA测序分析肠道微生物群落的多样性和丰度。结果发现,瘦小鼠体重增长更多更快。16s rDNA测序结果显示,两组小鼠的肠道微生物多样性都显著提高;拟杆菌(Bacteroidetes)的丰度在瘦小鼠组中有显著的提高,而有报道称拟杆菌可促进寡聚糖的消化与能量吸收。



图3. 两组小鼠门水平上的物种丰度堆叠图

参考文献
[1] Li S, Gu Y, Chen L, et al. Lean Rats Gained more Body Weight from a High-Fructooligosaccharide Diet[J]. Food & Function, 2015.