基迪奥第三代单分子测序技术——给你无限可能性 返回

第三代单分子实时测序技术(SMRT),是基于纳米孔的单分子读取技术,不需经过PCR扩增即可快速读取每一条DNA分子的碱基信息。与二代测序技术相比,三代单分子测序技术拥有以下无与伦比的技术优势,因此可实现以往“不可能的愿望”、得到“更完美的结果”!

技术优势

 


 


产品范围

无限可能性,只有你想不到,没有你办不到!


案例分享
利用单分子long-read技术得到等位基因特异的全长个人转录组[1]
得到含有个体所有遗传变异和转录异构体、并准确定量的全长个人转录组,对了解个人生物学和疾病非常重要,然而基于二代测序的短片段技术在转录本异构体的重构和定量准确性上都存在明显的局限性。斯坦福大学研究人员利用PacBio单分子长片段测序平台,对三个家庭成员的类淋巴母细胞转录组进行测序,并将获得的readsillumina平台上获得的短reads进行比较。PacBio单分子实时测序技术共鉴定到约12000Gencode中未注释的新isoform,丰富了现有注释;并成功对20HLA基因进行了等位基因分型,构建了首个全长个人转录组。



图1 含有多个杂合SNV的基因分型


线虫6-mA甲基化的发现以及其表观遗传作用[2]
人们一度认为线虫和果蝇中即便不是不存在但也不会多见的DNA甲基化表观遗传标记,实际上普遍存在于这些生物体的整个基因组,且其并非发生于在哺乳动物中常见的胞嘧啶上而是在腺嘌呤上。芝加哥大学的何川教授研究小组与哈佛医学院施扬教授的课题组合作,证实线虫中存在DNA甲基化。研究人员利用斑点印迹分析,在秀丽线虫中发现了6-mA甲基化,并利用三代测序SMRT-Seq方法检测出2255866-mA甲基化位点,这些甲基化位点在整个基因组内均匀分布,并且两段motif序列与6-mA显著相关:AGAAGAGG。同时鉴定出一个6-mA去甲基化酶和一个6-mA甲基化酶,这些酶和6-mA一起参与了线虫跨代遗传,揭示了6-mA在表观遗传方面的可能性。


图2 线虫SMRT测序的IPD ratio(荧光脉冲信号延迟)
 

参考文献
[1] Tilgner H, Grubert F, Sharon D, et al. Defining a personal, allele-specific, and single-molecule long-read transcriptome[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2014, 111(27): 9869-9874.
[2] Greer E L, Blanco M A, Gu L, et al. DNA Methylation on N 6-Adenine in C. elegans[J]. Cell, 2015, 161(4): 868-878.