【原创】3步预测基因的转录因子结合位点 返回
以转录因子HIF1A与基因PLOD2的TFBS预测为例。
方法如下：
一、检索转录因子（例如：HIF1A）TFBS信息
1、进入JASPARdatabase 官网 http://jaspar.genereg.net/
2、输入对应的转录因子名称进行快速检索（例如：输入HIF1A），或者根据需要选择合适的数据库，确定ID、物种及类型等参数再进行检索。
3、检索到目标转录因子HIF1A的TFBS信息
4、在页面右侧的区域输入相应的目标序列（例如：基因PLOD2的启动子序列）。
二、检索基因的启动子序列（例如：基因PLOD2的启动子序列）
1、进入NCBI网站 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
2、在检索栏中输入目标基因的名称（例如：输入PLOD2），并选择Gene数据库，点击检索
3、找到目标基因，点击“PLOD2”
4、进入目标基因页面之后，下拉至
点击“FASTA”
5、找到目标基因的序列
6、启动子位于基因的上游2K区域，因此我们把"Selected region"往后延伸2K的区域；同时我们选择反义方向。
7、复制目标基因启动子序列信息，注意（序列信息上一行，“>”所在行也必须复制）
三、检索转录因子HIF1A与基因PLOD2启动子区域的结合情况
1、将复制所得的基因PLOD2的启动子序列信息粘贴在JASPAER网站中转录因子HIF1A的TFBS右侧区域。注意，在转录因子HIF1A的TFBS信息栏前的方框内打勾“√”。
2、得到转录因子转录因子HIF1A与基因PLOD2的启动子结合的信息
到这里，TFBS就预测到了，虽然过程有些复杂，但是按照上面的步骤来就没有问题了。
更多基迪奥的原创文章，可继续关注我们网站动态发布，同时关注基迪奥微信~扫一扫添加基迪奥好友~随时随地关注行业动态！
