除了miRNA的转录后调控备受关注，转录组前调控，例如甲基化也备受关注。根据技术标准以及经费预算，甲基化研究有以下4种测序策略供选择。


这几种甲基化测序的方法精度不同，BS测序最全面而且精度也最高，已经有研究表明，甲基化的三种motif功能并不相同。

DNA甲基化位点三种不同的motif类型（CG，CHG，CHH），已经有很多研究表明在个体内的调控机理和功能并不相同。


因此，甲基化调控的机制，比我们想的要复杂。要解释这个问题，研究人员往往需要使用多组学关联的策略。话不多说，我们以两篇文献案例跟大家分享多组学怎么研究甲基化调控问题。

案例1
这是2013年一篇很有意思的报道，文章研究的motif为CHH岛，本文做了全基因组BS、表达谱、小RNA三个组学。


材料特点：受精前的玉米穗外层，细胞形态多样，处于甲基化调控活跃期。
测序策略：全基因组BS、表达谱、小RNA

研究目的
1）siRNA对甲基化的调控方式；
2）CHH在转录组调控中的作用；

主要发现
1. siRNA介导的DNA甲基化（RdDM）在基因区富集
1）siRNA在基因区附近富集；
2）基因区附近的CHH甲基化上调；
3）基因表达量与CHH甲基化正相关；

2. RdDM富集在近基因区转座子


推断：提出CHH 是表观调控绝缘子

文章的发现可能颠覆我们以往对甲基化效应的认识，例如：
1）基因上游CHH甲基化是普遍上调的，而我们通常认为基因区上游甲基化率是下降，以便利于启动转录；
2）基因表达量与其对应启动子区的CHH甲基化正相关，这和我们的认识也相反，甲基化应该是抑制转录；

而这些发现的前提是，将CHH与CG、CHG分离开统计，才能发现这样的规律，否则CHH的信号会淹没在总体的甲基化信号中；我们有类似的案例，玉米种子MeDIP测序，无法发现的这样的规律的，原因就是如此；

因此，我们在开篇表格中讲到BS的优势——区分三类motif，是具有生物学意义的。

回到这篇文章，作者提出了一个很有意思的观点：
提出CHH 是表观调控绝缘子，保证编码基因被转录的同时，启动子附近的转座子不会被随意激活。这也是本文亮点所在。

案例2
再来看看今年另外一篇《Genome Reserch》文章


材料特点：父母本（B73，Mo17）、9株重组自交系的种子
测序策略：全基因组BS、表达谱、小RNA

研究目的
1）siRNA对甲基化的调控方式；
2）各类motif对转录的影响；
3）DMR的遗传模式；

这里有一点要注意，转录组前调控和转录后调控也不是绝对的。例如siRNA即参与转录后调控，但很多研究表明，其也参与转录前调控；

主要发现
1）RdDM主要和24nt siRNA相关（尤其为CHH)
2）基因body区的甲基化与阻止逆转录相关（CG）；
3）变剪切位点甲基化与抑制可变剪切相关（CHG）；
4）DMR的遗传：大部分稳定遗传（6Mb），但一部分出现变化（0.9Mb)。
（备注：品系特异的甲基化位点遗传模式十分稳定）

文章也发现，不同的motif效应的确是不同的；还发现甲基化在自交8代后，依然大部分稳定遗传；但同时也会有一些变化；在逆转录转座子mutator插入位点附近，发现增高甲基化的趋势。

小结
所以对于研究甲基化转录调控来说，单一组学往往不能完美说明生物学问题，多种组学串联更能提升文章档次。建议做甲基化转录调控的老师可以精读这两篇文献。

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