最近我们发现了一个哺乳动物动态转录本数据库网站——MTD。作者利用这个数据库还发了一篇SCI的文章。


下面我们来介绍一下这个数据库：

网站界面比较高端，点击下面的链接就可以进入网站。

MTD（http://mtd.cbi.ac.cn）是中科院北京基因组研究所的博士开发的，今年初发表在Brings in Bioinformatics上的哺乳动物动态转录本数据库。

此数据库从1612个样本中筛选得到254组正常组织或细胞的哺乳动物RNA-seq数据，包含了人、猪、大鼠、小鼠四个物种，分别覆盖了31,13,14,44个正常组织或细胞。对数据进行预处理，比对，转录本拼接，为保证数据的质量，每个过程选择的参数都十分谨慎，并初步界定了在所有已有的数据量达到饱和的组织或细胞系中有表达的基因作为看家基因，并界定了都有表达的转录本作为看家转录本。

今天我们主要介绍一下MTD的五大功能如下：

1. 从染色体任意区域或染色体条带来浏览染色体各区段的reads覆盖信息



我们点击Browse后，会得到基因位点及RPKM值、表达情况信息。



2、直接嵌入基因组浏览器gbrowse供用户自助搜索和导出可视化搜索结果


3、以生物学通路为单位从功能层面上对参与同一通路的基因集合在用户感兴趣的组织中的表达量进行搜索



这里可以进行排序，得知在该通路中表达量高或低的基因。

4、特征提取功能

因不同学者对看家基因的观点不一样，例如合理的阈值难以确定，认为在所有组织中恒定表达的基因才是看家基因等，基于这些可能的观点的不同，数据库提供了用不同的阈值和位置信息，对基因进行筛选。


对于鉴定出的所有转录本，数据库依据每条转录本的转录特征和位置特征给予唯一ID，并提供了转录本特征提取页面，大家可以根据转录方向，发生的可变剪切事件，是否为看家转录本等信息对感兴趣的转录本进行检索。


对于所有检索得到的结果，数据库都提供了可下载的tab分割的表格。

5、分析页面

数据库提供了物种内各组织间转录组表达情况的比较分析，以及物种间直系同源基因在生理上等价的组织中的转录组表达情况的比较分析。




我们可以从基因、转录本、外显子三个层次进行深入考察。数据库在显示方面采用了图文结合的方式，便于大家深入理解，对于每个外显子的剪切方式，数据库也提供了详细的描述和解释。

数据库提供各看家基因在特一物种的所有组织的表达量的概况图和物种间直系同源基因在可比较组织中的表达量的概况图，以给予大家总体的印象，对于局部组织，数据库也提供了具体的考察角度。

更多基迪奥的原创文章，可继续关注我们网站动态发布，同时关注基迪奥微信~扫一扫添加基迪奥好友~随时随地关注行业动态！