今天给大家介绍一下KEGGpathway电路图的画法。如下：


其实这就是展示了所研究的样本在某个pathway中（比如图中的是ko01100 Metabolic pathways），哪些通路上调，哪些通路下调，哪些通路无显著变化。

这个图看似复杂， 但只要配置好文件，就可以自动出图了。所以配置文件第一步：

一、这个文件很重要，文件中包含了要展示的基因ID及其表达的蛋白在KEGG数据中的K号。


那么这个基因ID与K号从哪找？一般来说公司给的流程分析结果中可以找到。

二、需要对不同类型的基因（比如上调或者下调）定义在KEGG map图中不同的展示颜色（这个文件最后保存为txt格式）。

因为我们最后想要看到上调下调的基因有哪些，所以必须要定义不同颜色。

1.上调基因（例图中定义为Upexpressedpathway）对应的K号在定义为red；
2.下调基因（例图中定义为Downexpressedpathway）对应的K号定义为blue；
3.没有变化的基因（例图中定义为Overallunchanged pathway）对应的K号定义green；
4.非显著的差异基因（Nonedifferentially expressed pathway）的对应K号定义为black。

另外需要特别注意的是，当同一个KO号对应多个基因，同时这些不同的KO号定义的颜色属于不同的类型时，后面的一个颜色会覆盖前一个定义的颜色，例如：

同一个KO号对应了两个基因，一个是上调（红色），一个为下调（绿色），而在列表中将下调的排序排在后面的话，最后这个KO号展示就是绿色，红色的已经被覆盖。


三、进入KEGG官网：http://www.kegg.jp/ ，选择工具 KEGG Mapper，再进一步的选择 Search&Color Pathway 。



四、导入在第二步得到的K号与颜色定义文件（一定要是txt格式），由于ko01100 Metabolic pathways是彩色的，为了更好的显示目标颜色的效果，选择“Use uncolored diagrams”的参数，点击Exce进行运算。

五、由于一个的KEGGpathway包含的K号对应的基因是一定的，同时不同的KEGGpathway包含的K号对应的基因存在异同，因此存在很多K号在KEGG pathway是没有对应的位置的，结果中会根据在不同的KEGG pathway中匹配上K号的数目按从大到小进行排序，这里我们选择的目标KEGG pathway是第一个ko01100 Metabolic pathways。


六、初步运算出来的效果图如下，后续可以对图进行再次编辑，用于展示的关注的pathway名称。