基迪奥5月连发8篇文章，各组学研究均有文献产出，有植物甲基化研究发文6.8分，植物镉离子胁迫研究也发文6.8分，宿主病原互作发4分，小鼠胚胎干细胞研究也发文6.5分，更有微生物同一项目连发2篇文章，另外搭建的数据库也发文3.5分。我们一起来感受下这些文章。

1、Rbm24调节小鼠胚胎干细胞向心脏分化过程中的可变剪切事件

Rbm24 Regulates Alternative SplicingSwitch in Embryonic Stem Cell Cardiac Lineage Differentiation
发表期刊：《STEM CELL》，IF：6.523。
研究物种：小鼠
合作老师：厦门大学医学院干细胞研究所 

目的：
阐明RNA结合蛋白Rbm24通过调控可变剪接影响胚胎干细胞心脏分化的分子机制。

取材：
对照组（正常表达Rbm24的ESC），实验组（过表达Rbm24的ESC）  。

图表展示：

结果：
1、过表达Rbm可促进胚胎干细胞向心脏分化；
2、有参转录组测序，通过可变剪接分析发现，过表达Rbm24后，实验组中存在大量与心脏分化相关的差异可变剪接；
3、发生差异可变剪接的基因在KEGG和GO分析及后续分子实验验证中，都证明与心脏分化相关；
4、可变剪接分析与后续实验还证明Rbm24可调控与维持细胞多能性相关基因的可变剪接事件。
 

2、蓖麻胚乳型种子基因组DNA甲基化

Genomic DNA methylation analyses revealthe distinct profiles in castor bean seeds with persistent endosperms
发表期刊：《Plant Physiology》，IF：6.841。
研究物种：蓖麻 Ricinus communis
合作老师：昆明植物所 徐伟博士 

目的：
研究双子叶植物胚乳低甲基化的分子机制。

取材：
授粉后35天的蓖麻种子胚和胚乳，各5个生物学重复（BS）和3个生物学重复（小RNA测序）。

图表展示：

结果：
1、与胚相比，胚乳基因组CG和CHG显著低甲基化，但CHH甲基化水平并没有显著降低；
2、结合DNA甲基化相关基因的表达以及调控DNA甲基化的small RNA的表达谱分析，研究揭示了蓖麻胚乳CG和CHG甲基化水平的下降，与MET1和CMT1甲基转移酶的表达抑制以及DME去甲基化酶的表达激活有关；
3、胚乳中高丰度的CHH甲基化与24-siRNAs介导的RdDM途径以及DRM3甲基化转移酶的表达激活有关。
 

3、玉米转录因子导入拟南芥研究镉离子胁迫耐受机制

Maize OXIDATIVE STRESS 2 homologs enhancecadmium  tolerance in Arabidopsis throughactivation of a putative SAM-dependent methyltransferase gene
发表期刊：Plant Physiology，IF：6.841 。
研究物种：拟南芥
合作老师：华南植物园 贺立龙博士

目的：
找出拟南芥在镉离子应激反应中的下游靶标基因，揭示拟南芥对镉离子耐受的分子机制

取材：
75ul CdCl2处理11天后的拟南芥WT、WT（ZmOXS2b）和WT（ZmO2L1）。

图表展示：

结果：
1、玉米两个氧化应激同源基因ZmOXS2b和ZmO2L1通过转基因转入拟南芥后，可增强拟南芥对镉离子的耐受性；
2、ZmOXS2b和ZmO2L1是通过结合甲基化转移酶CIMT1启动子上一段BOXS2 motif的序列起作用的；
3、过表达CIMT1能够增强拟南芥对镉离子的耐受性。
 

4、雌雄异株植物转座子数据库

DPTEdb an integrative database of transposable elements in dioecious plants
发表期刊：《Database》，IF：3.372。
研究物种：八种雌雄异株植物
合作老师：河南师范大学  李书芬副教授   

数据库网站地址：http://genedenovoweb.ticp.net:81/DPTEdb/index.php

网站截图：

结果：
1、搭建了八种雌雄异株植物共31340个TE的数据库，包含分类信息。
2、这篇文章是一篇非典型SCI，搭建一个公开数据库来发文SCI。其实基迪奥一直都有搭建数据库的服务，另外这也不是我们搭建的数据库第一次发文了，2015年我们也曾参与发表过一篇桑树转座子数据库文章，戳这里查看。
 

5、立枯丝核菌AG1 IA侵染结缕草根部早期的转录组研究

De novo Transcriptome Analysis ofRhizoctonia solani AG1 IA Strain Early Invasion in Zoysia japonica Root
发表期刊：《frontiers inmicrobiology》，IF：3.989 。
病原：立枯丝核菌AG1 IA        宿主：结缕草
合作老师：北京林业大学  朱晨教授

目的：
研究立枯丝核菌AG1 IA侵染结缕草根部的致病机理。

取材：
接种立枯丝核菌AG1 IA 12h,24h,36h,48h的结缕草根部，以及未感染对照样本，每组三个重复。

图表展示：

结果：
1、透射电镜显示，立枯丝核菌AG1 IA早期感染结缕草根部并没有引起细胞结构的明星损伤，但已显示出较强的寄生生长，表明该病菌隐秘的入侵策略可避免引起宿主的抵御反应；
2、对宿主抵御病菌相关蛋白酶的活性进行检测，发现这些蛋白的活性在受到病菌侵染的结缕草根部中呈现下降的趋势，表明立枯丝核菌AG1 IA隐秘而强大的入侵策略；
3、RNA-seq差异表达基因分析及GO、Pathway功能富集分析结果显示，与信号转导、基因翻译、蛋白合成相关的基因在病菌侵染12h到48h之间的结缕草根部中表达量变化很大；
4、将unigene注释到植物R基因数据库（PRGdb）中，共有3422个结缕草unigene被注释到并分成14类，说明结缕草根部表达R基因来抵御病菌入侵；
5、对立枯丝核菌AG1 IA的unigene进行PHI数据库注释，共有1508个unigene被注释上并分成37类。
 

6、泥鳅肠后段miRNA测序及其在肠呼吸抑制的作用

High-throughput sequencing identifiesmicroRNAs from posterior intestine of loach (Misgurnus anguillicaudatus) andtheir response to intestinal air-breathing inhibition
发表期刊：《Plos one》，IF：3.234 。
研究物种：泥鳅 Misgurnusanguillicaudatus 
合作老师：华中农业大学 曹小娟副教授    

目的：
研究miRNA在泥鳅辅助呼吸器官中的作用。

取材：
正常对照组的泥鳅肠后段和肠呼吸抑制状态下的泥鳅肠后段，10个个体混在一起，共两个样本。

图表展示：

结果：
1、共鉴定出204个已知miRNA和84个新miRNA，47个miRNA在两组中差异表达；
2、结合泥鳅转录组数据，共鉴定出差异表达miRNA的21804个靶基因。并构建了与血管生成和血管结构维持相关的miRNA-靶基因调控网络。
 

7、持续摄入寡聚糖并不能使大鼠肠道双歧杆菌维持在一个高水平

Continuously IngestingFructooligosaccharide Can’t Maintain Rats’ GutBifidobacterium at a High Level
发表期刊：《Journal of Food Science》，IF：1.696 。
研究物种：大鼠
合作老师：暨南大学 彭喜春教授

这篇文章影响因子虽不高，但其实是一个微生物项目连发3篇文章的第2篇，第1篇发在《Food & Function》，第3篇刊登在《British journal ofnutrition》。

目的：
比较高寡聚糖饮食和高大豆纤维饮食对正常大鼠和肥胖大鼠肠道乳酸菌和双歧杆菌的影响。

取材：
高寡聚糖喂食的正常大鼠和肥胖大鼠、高大豆纤维喂食的正常大鼠和肥胖大鼠，共四组样本，每组5只大鼠，取喂食后0个星期、4个星期和8个星期的粪便，做16S测序。

图表展示：

结果：
1、高寡聚糖饮食促进了大鼠肠道双歧杆菌和乳酸菌的生长，但持续摄入寡聚糖并不能使双歧杆菌维持在一个高水平（在第8周双歧杆菌的浓度下降到之前较低的水平），推测在第4周建立起来的新的肠道环境并不适合双歧杆菌的生长，双歧杆菌可能被其他细菌抑制。
2、高大豆纤维饮食并不能促进大鼠肠道乳酸菌和双歧杆菌的生长。
 

8、高纤维饮食导致瘦大鼠体重增长更多

Lean rats gained more body weight thanobese ones from a high-fibre diet
发表期刊：《British Journal of Nutrition》，IF：3.453。   
研究物种：大鼠。
合作老师：暨南大学 彭喜春教授

目的：
研究高大豆纤维饮食对大鼠生长和肠道菌群的影响。

取材：
胖组和瘦组各8只大鼠，高大豆纤维饮食喂养8周，在11、15、19周龄检查肠道16s。

图表展示：

结果：
1、瘦大鼠的体重显著增长，但胖大鼠的体重没有显著增长；
2、两组大鼠的血脂胆固醇含量都下降；
3、瘦大鼠的肠道微生物菌群多样性显著提高，并且厚壁菌门和拟杆菌门的丰度显著提高；但胖大鼠的肠道微生物多样性和组成变化不大。

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