一款强大的motif分析工具 返回
最近我们在做一个细菌的转录组的课题，其中一个任务就是寻找CRP依赖的基因和operon的promoter序列。其实Virtual Footprint可以实现一些功能，但是Virtual Footprint是利用大肠杆菌中motif的matrix来分析序列，而不能从一堆序列中通过统计学规律寻找潜在的motif，所以这显得不科学啊。但是MEME这个软件可以做到。比如，我们已经找到了一些潜在依赖CRP与cAMP复合物转录的基因和operon，于是提取operon前200bp的DNA序列，然后放到MEME中，它能自动寻找所有潜在的motif，搜寻的效果也不错，预测的motif和其他论文中报道的别的细菌CRP promoter序列基本一致。
当然它的显示效果也是不错的，上图是另外项目中，几个物种的蛋白结构域分析，发现不同蛋白亚家族由不同结构域构成。
下面是MEME官网上所有的programs：
我们这里分享是MEME这个program，而对于其他功能，大家可以好好挖掘。同时MEME有在线分析版本和本地版本，如果序列比较大，只能减少序列或者下载本地版本。
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