从ensembl中查找基因组或者相关信息的方法 返回
今天的微信来介绍一下查找基因组和相关信息的方法,供大家参考。要注意的是,找动物基因组和找植物基因组的地址是不一样的。
1、链接地址
植物入口:
http://plants.ensembl.org/index.html
动物入口:
http://www.ensembl.org/index.html
2、点击“BioMart”进入
3、选择版本
植物的在下拉菜单中选择“Plant Mart”:
动物的在下拉菜单中选择“Ensembl Genes 85”:
4、选择物种
植物的在下拉菜单中选择物种:
动物的也是在下拉菜单中选择物种:
5、进入数据,选择相应信息:
下面将重点介绍Attributes的选择功能,该功能已经将各种基因的信息以及不同数据库中的基因信息,不同物种的基因信息等等,以复选框的形式提供,我们只需要从中勾选我们需要的结果信息,即可。该工具包含六个子选项:
1)Features,基因功能方面的信息;
2)Structures,包括基因的位置信息,如所在染色体,起始-终止位置等,以及还有外显子的位置信息,编码位置信息等等;
3)Homologues,包括三部分信息:该物种基因的信息;该物种基因与其他物种的同源基因对应,不同数据库对应;该物种的旁系同源基因信息等等;
4)Variant(Germline),包括基因的信息以及该基因上的变异信息,变异来源以及变异效应,如移码突变等等;
如下例部分结果:
5)Variant(Somatic),该部分只包括基因的信息,体细胞突变信息还没有。
6)Sequences ,包括基因对应的序列可变剪切等以及基因的信息;
6、结果信息的查看与保存
1. 结果的查看
无论是根据基因的查询筛选还是选择选项得到的数据信息,均需要通过网页上方的按钮来实现展示:
左上角的三个按钮:
1.new,表示重新打开一个页面,跳转到biomart-ensemble的界面,可以开始新的物种或者新的搜索;
2.Count:表示根据自己选择的选项,计算在该物种的数据中出现的数目,如基因的个数等等;
3.Result:表示在该页面直接展现我们筛选的结果,结果展示如下:
2.结果的保存
点击数据上方的Go按钮,保存数据保存的数据格式可以在右侧的下拉菜单中选择,如下图。
等弹出下载任务对话框后,选择保存路径,本地保存即可!
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