随着高通量测序技术的发展，16SrRNA和宏基因组测序两项技术已经逐渐成为微生物群落研究的重要工具。

它们的优势非常明显：
1.检测通量高，单次能快速检测成千上万个微生物个体；
2.无需培养，省去繁琐的微生物培养实验，同时也打破严苛的细菌培养条件的限制。

基于以上两大优点，现在很多研究微生物的老师都会做上几个16s或宏基因组测序，以在微生物领域里“寻宝”。

在寻16s和宏基因组的宝的之前，还是要把现阶段大多数主流文章都研究一番，慢慢形成思路之后，才去定下项目设计。因为一个好的实验设计，可以省却你后面无数的烦恼，这估计是大家的共鸣。

但如果没有这么多时间或怕自己对文章理解不透彻，那怎么办？那当然没关系，基迪奥公司从9月开始在全国各地举办多场与微生物群落研究相关的宣讲会，到时我们会重点在文章思路和实验设计上进行讲解，有兴趣的老师可以随时留意我们的后续发布的讲座信息。

在这里，跟大家讲讲看完大多数主流文章后，发现它们都有其思路框架，这些框架，就是我们所提到的实验设计思路（图1）。

图1 如何设计好实验——文章脉络梳理

我们总结发现，现阶段微生物群落研究的文章无非分为三个部分：生存条件差异，微生物群落差异，差异解释（图1）。差异的生存条件使微生物群落产生变化，最终通过分析，解释造成这种微生物变化的原因，或解答微生物群落的变化对环境造成何种影响（图2）。

图2 微生物群落研究三要素关系图

生存条件差异：影响微生物生长的因素，少则三五，多则上百。哪个才是主要因素？如何挖掘正确的生存条件差异？所关注的因素不同，样本采集的方向则不同，因此样本所代表的微生物生存条件差异则不一样。

微生物群落差异：微生物差异分析主要由微生物组成分析，微生物多样性分析和微生物功能分析三部分组成。因此利用哪种方法怎样表现微生物差异，将会决定此项目的研究内容。

差异解释：一般是指微生物与环境之间的关系研究，分为两个主要方向：
1. 环境哪些因素怎样使微生物群落产生变化，这是对差异原因的解释；
2. 微生物的改变，是否对环境造成影响？这是对差异影响的解答。对结果的不同解读，最终会影响着研究的目的。

设计实验不一定都要涵盖三个要素。就算三个要素都涵盖，但每个部分中又含有多种小分类（图1），不同的小分类组合，决定着一篇文章是2分多的BMC microbiology，还是10分以上的PNAS。至于文章的要素如何组合？怎样才能达到最理想效果？在资金有限的情况下，如何进行最有意义的设计？想了解更多实际案例？请参考下面几个思路图（图3）。

图3 如何设计好实验——精彩案例解读

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